В ноябре 1827 г. директор Департамента иностранных исповеданий Григорий Иванович Карташевский предложил Иосифу Семашко письменно изложить мысли о тяжёлом положении униатов в России. Исполняя просьбу и опираясь на указ Сената от 9 октября 1827 г., направленный на восстановление древних обрядов в униатском богослужении, Иосиф Семашко составил и 5 ноября 1827 г. подал Г.И. Карташевскому докладную записку «Соображения главного управляющего духовными делами иностранных исповеданий» с описанием бедственного положения униатских общин. В записке впервые дан обзор мер, принятых правительством в отношении униатской церкви, начиная со времени правления императрицы Екатерины II и до 1825 г. В этой же записке Иосиф Семашко предложил ряд начинаний, не только ограждающих униатов от латинизации и полонизации (раздельное обучение и воспитание униатской и католической молодёжи, освобождение униатского обряда от латинских элементов и др.), но и способствующих их воссоединению с православием. Записка привлекла внимание управляющего делами иностранных исповеданий Дмитрия Николаевича Блудова, затем получила благожелательный отзыв императора Николая I. 6 декабря 1827 г. император наградил её автора наперсным бриллиантовым крестом «за отличные способности, ревность и примерное благонравие». В конце ноября – декабре 1827 г. по представлению Иосифа Семашко, внесённому 17 января того же года, было решено упразднить 57 из 83 василианских монастырей Волыни, Белоруссии и Литвы. Однако выполнение этих решений затянулось на несколько лет. 17 января 1828 г. Иосиф Семашко подал министру просвещения Александру Семёновичу Шишкову представление о преобразовании униатской церкви, подписанное всеми членами униатского департамента. На его основании в канцелярии А.С. Шишкова при участии Иосифа Семашко, который неоднократно высказывал своё мнение по конкретным вопросам в многочисленных конфиденциальных «записках», был составлен «Всеподданнейший доклад о преобразовании греко-униатской Церкви соответственно истинным потребностям и пользам принадлежащих сему исповеданию». В указе правительства от 22 апреля 1828 г., который стал первым шагом на пути реализации предложений Иосифа Семашко, содержались следующие распоряжения: образовать самостоятельную Греко-униатскую коллегию, отдельную от Римско-католической коллегии; преобразовать четыре униатские епархии в две – Белорусскую с центром в Полоцке и Литовскую с центром в Жировицкой обители с подчинением их новой коллегии (при этом упразднялись Луцко-Острожская и Виленско-Брестская епархии), систему управления привести в соответствие с имеющейся в православной церкви; все василианские монастыри подчинить епархиальным архиереям и духовным консисториям и тем самым ослабить могущество василианского Ордена; ликвидировать право патроната (коляторства) польских землевладельцев над униатскими церквами; открыть в каждой епархии семинарии для обучения униатского духовенства (с принятыми в Русской церкви стандартами образования и воспитания) и тем самым поднять роль белого духовенства. Низшие духовные училища из-за недостатка белого духовенства Иосиф Семашко предлагал оставить в ведении василиан, но семинарии передать униатскому духовенству, ввести преподавание на русском языке вместо польского.