Иосиф также выступал за регистрацию иосифлянских приходов в органах государственной власти, призывал выполнять их распоряжения в отношении церковных дел (налогов, патентов на производство свечей и т.п.), если они не затрагивают основ веры. В письмах к епископу Димитрию он особо настаивал на том, что нельзя ни в коем случае прекращать поминовения за богослужениями Патриаршего Местоблюстителя митрополита Петра, даже если в этом случае будут угрожать репрессиями. После ареста епископа Димитрия (Любимова) 29 ноября 1929 г. Иосиф назначил временно управляющим иосифлянскими приходами епископа Сергия (Дружинина), однако вскоре, получив жалобы на епископа Сергия от ряда священников, ограничил его права в управлении. При обращении к нему духовенства многие вопросы Иосиф стал решать самостоятельно. 12 сентября 1930 г. Иосиф был арестован. Содержался сначала в тюрьме в Ленинграде, где подвергался усиленным допросам, а в декабре 1930 г. переведён в Московскую внутреннюю тюрьму ОГПУ. Проходил по следственному делу «Всесоюзная контрреволюционная монархическая организация церковников “Истинно-православная церковь”» вместе с иосифлянскими епископами Димитрием (Любимовым), Алексием (Буем), Михаилом Новосёловым, протоиереем Анатолием Жураковским, профессором Алексеем Фёдоровичем Лосевым и др. Обвинялся в том, что возглавлял «церковно-административный центр» организации. На следствии не скрывал своего негативного отношения к церковной политике митрополита Сергия, но категорически отрицал обвинения в контрреволюционности и антисоветской деятельности, заявляя: «Ведь критика слов и дел митрополита Сергия вовсе не есть критика или выпад против Власти». В то же время старался подчеркнуть отличие своего отношения к советской власти от позиции в этом вопросе митрополита Сергия. Обыгрывая наиболее известную фразу из «Декларации» 1927 г. («Мы хотим быть православными и в то же время сознавать Советский Союз нашей гражданской Родиной, радости и успехи которой – наши радости и успехи, а неудачи – наши неудачи»), Иосиф говорил: «Радости Советской власти не могут быть нашими общими радостями. Советская власть получает удовлетворение закрытием той или иной церкви, мы можем только иметь скорбь и не можем радоваться». На следствии фигурировали и более острые высказывания Иосифа по адресу антирелигиозной политики властей: «Вам нужно уничтожение Христа, мне Его процветание... По-вашему, мы мракобесы, по-нашему, Вы – настоящие сыны тьмы и лжи... Вам доставляет удовольствие издеваться над религией и верующими, таскать по тюрьмам и гонять по ссылкам её служителей. Нам кажется величайшей дикостью, позором из позоров XX века ваши насилия над свободой совести и религиозными убеждениями человечества».