В середине августа викарий Ленинградской епархии Гдовский епископ Димитрий (Любимов) и группа клириков Ленинграда обратились к Иосифу с посланием, в котором они выразили своё несогласие с курсом церковной политики митрополита Сергия. Подобное обращение нашло отклик у Иосифа. В сентябре он с согласия властей переехал из Моденского монастыря в Ростов, где по-прежнему служил в Спасо-Иаковлевском Димитриевском монастыре. На просьбу Иосифа к Е.А. Тучкову позволить ему выехать в Ленинград ответа не последовало. 13 сентября 1927 г., вероятно, по настоянию ОГПУ, на заседании Синода под председательством митрополита Сергия «по соображениям большей пользы церковной» было решено перевести Иосифа на Одесскую кафедру (принятый позднее официальный указ датирован 17 сентября). Иосиф был вызван в Москву, где ему было сообщено о новом назначении. Узнав, по его словам, что «перемещение вызвано интригами отдельных лиц», Иосиф заявил о его незаконности, ссылаясь на определение поместного Собора 1917–1918 гг. «О епархиальном управлении», и потребовал, чтобы его дело было передано на суд епископов. Вернувшись в Ростов, Иосиф составил 28 сентября письмо на имя митрополита Сергия, в котором вновь назвал решение о своём переводе «незаконным и ни в какой степени не приемлемым», указав его причиной «злую интригу кучки людей, не желавшей, чтобы он пребывал в Ленинграде». В письме Иосиф обвинил митрополита Сергия в «плачевно-рабском послушании, совершенно чуждом церковному началу» и вновь отказался подчиниться указу Заместителя Местоблюстителя как неканоничному, «принятому под влиянием посторонних факторов и по этой причине пагубно сказывающемуся на церковной организации». Позднее Иосиф сообщил о своём отказе подчиниться решению о переводе на Одесскую кафедру посетившему его в Ростове епископу Димитрию (Любимову), который привёз в Ленинград это известие. 3 октября временно управлявший Ленинградской епархией Петергофский епископ Николай (Ярушевич; впоследствии митрополит) доложил Синоду о недовольстве в городе в связи с перемещением Иосифа из Ленинграда. 12 октября Синод утвердил решение о переводе Иосифа на Одесскую кафедру. Викариям Ленинградской епархии предписывалось прекратить возношение за богослужением имени Иосифа и подчиниться епископу Николаю. 22 октября текст выписки из указа Синода о новом назначении был получен Иосифом в Ростове. 25 октября о его переводе в Одессу было официально объявлено в храмах Ленинградской епархии. 30 октября Иосиф отправил в Синод новое послание с отказом оставить Ленинградскую кафедру, заявив, что «не желает оказывать послушание церковной власти», находящейся, по его словам, в «рабском состоянии». По имеющимся архивным сведениям, во время переговоров, которые вела 12–14 декабря в Москве с митрополитом Сергием делегация ленинградского духовенства и мирян, Иосиф встречался с епископом Димитрием (Любимовым) и ознакомился с требованиями делегации по изменению церковной политики, которые одобрил.