Даны описания космического огня (который напоминает потоп) и грядущего Суда; после Суда Божия Илия и Енох возвратятся, чтобы убить сына беззакония; описываются смерть антихриста и начало нового тысячелетнего царства. Трудность в оценке богословия «Апокалипсиса пророка Илии» состоит, по мнению исследователей, в том, что памятник не является плодом деятельности одного автора или общины, но возник в результате продолжительного процесса редактирования на основе соединения иудейской и христианской традиции. Бог в «Апокалипсисе пророка Илии» – это Творец, восседающий на небе. Он уготовал для праведных место успокоения (рай). Как Творец истории Он возводит и низводит царей в своё время. Праведные цари проявляют заботу о св. местах и святых; неправедные цари этого не делают. Кто нарушит закон Божий, будет наказан. Под Его властью находятся ангелы, прежде всего, архангелы Гавриил и Уриил, которые по воле Божьей спасают праведников от опасностей битвы последних времён и направляют их в рай, где они должны пребывать вместе с Богом. В разных местах «Апокалипсиса пророка Илии» описываются Мессия и Его деяния. Мессия называется «царём на западе», «львом мира», который, подобно «льву рыкающему», побежит по морю и убьёт неправедного царя. В ряде мест явно описывается Иисус Христос. Он шествует на облаке небесном, и знак креста движется перед Ним. Он сотворил всё. Все имеющие печать принадлежат Христу. Он проявляет милость к страждущим. Он пошлёт с неба 64 тыс. ангелов. Сын Божий в последние времена будет судить грешников и праведников и тех, кто совершили преступления на небе. Только Мессия имеет власть над смертью. Христос как Царь сойдёт вместе со всеми святыми с неба, попалит огнём землю, будет править на ней тысячу лет и создаст новое небо и новую землю. В «Апокалипсисе пророка Илии» подробно описывается роль ангелов в последние времена, в особенности архангелов Гавриила и Уриила. После того как ангелы подняли на своих крыльях праведников и спасли их от гнева антихриста, Гавриил и Уриил воздвигают «столп светлый» и несут его перед ними «в святую землю», где праведники облекутся в белые одежды и вкусят от древа жизни (ср.: Ис. 49:10; Откр. 7:16). Израиль, Иерусалим и храм утратили особую роль, т.к. адресат «Апокалипсиса пророка Илии» – в Египте. Царь мира, который пришёл с запада, даст мир жителям Египта и святым и будет восхвалять имя Божие и места, где живут святые. У него будет два сына, от одного из них произойдёт четыре царя, на тридцатом году он построит храм в Мемфисе и погибнет от одного из своих сыновей; это будет началом наступления конца света. По мнению исследователей, под этим царём подразумевается Александр Великий, а храм в Мемфисе, должно быть, святилище, построенное им.