Иосиф Хаззая написал 1900 трактатов, в том числе «О созерцании и практике», «О значении великих праздников», «Книгу ризничего» (предположительно отождествляется исследователями с сохранившимися «Вопросоответами»), историческое сочинение «Рай восточных» в двух томах, «Письма о возвышенности иноческой жизни», а также ряд толкований: на «Книгу купца» (имеется в виду сочинение аввы Исаии Скитского), на видение пророка Иезекииля, на «Главы о ведении» (по мнению исследователей, «Умозрительные главы» Евагрия Понтийского), на видение Мар Григория (об апокрифическом видении, приписываемом Григорию Богослову), на «Ареопагитики». Все эти сочинения, за исключением небольших фрагментов, утрачены. В собрании монастырской библиотеки Сеерта хранились рукописи, включавшие сочинения Иосифа Хаззая «Главы о ведении» и «Вопросоответы» (они считаются пропавшими во время Первой мировой войны, их содержание известно исследователям из описаний епископа Аддая Шера). «Вопросоответы» – одно из самых больших произведений Иосифа Хаззая. На основании того что его пятая глава посвящена, в частности, теме наказаний человека, о чём, как сообщает Авдишо бар Бриха, говорится и в «Книге ризничего», епископ Аддай Шер и вслед за ним Р. Бёле считали, что речь идёт об одном и том же произведении. Значительная часть «Глав о ведении» идентифицирована в одноимённом корпусе Иоанна Дальятского. Ряд сочинений из рукописи, которые епископ Аддай Шер считал разделами «Глав о ведении», Игнасио Ортис де Урбина отнёс к самостоятельным произведениям Иосифа Хаззая. В 1934 г. Альфонс Мингана опубликовал по рукописи сочинения Иосифа Хаззая «О духовном умозрении», «О безмолвной молитве», «О действии движений, появляющихся в уме во время молитвы», «Письмо к другу, попросившему рассказать, какими упражнениями приблизиться к Богу» («Пятое письмо Иосифа Хаззаи») и «Письмо к другу о действии благодати», которое вместе с другим письмом на ту же тему ошибочно приписывается в рукописях Иоанну Сабе. В настоящее время считается доказанным, что Иосифу Хаззая принадлежит письмо «О трёх степенях иноческой жизни», сохранившееся в краткой и пространной редакциях; в рукописях оно атрибутируется Филоксену, епископу Маббугскому (ум. в 523 г.). В славянскую традицию это произведение вошло под именем Исаака Сирина (в русском переводе Слово 55). Отдельные трактаты Иосифа Хаззая содержатся в рукописях из собрания монастыря Зачатия Пресвятой Богородицы близ селения Алкош в Ираке. Пока не опубликованы все произведения Иосифа Хаззая, исследователи не могут дать исчерпывающее описание его богословских взглядов. В вопросах христологии Иосиф Хаззая является представителем антиохийской школы: он исповедует Христа в двух естествах, двух ипостасях и одном лице. Наиболее яркую черту богословия Иосифа Хаззая, за которую его и осудил Собор 786/787 г., составляет его отношение к возможности созерцать Божество: «Кроме человечества Христова, ни ангелы, ни люди не могут зреть Бога ни в этом веке, ни в будущем. Человечество Христово как зеркало, в котором все разумные существа, видимые и невидимые, увидят Бога Слова, обитающего в нём (человечестве)».