В 1764 г. пустынь упразднили и преобразовали в приход. В 1809 г. Благовещенская церковь была приписана к Ивинской приходской церкви. После открытия Олонецкой епархии её второй архипастырь Венедикт (Григорович) обратил внимание на Яшезерскую обитель. В 1846 г. он создал хозяйственную комиссию для обследования состояния монастыря, с этого времени начались восстановление пустыни и сбор сведений о её истории и об основателе. В 1852–1857 гг. Яшезерская обитель была приписана к Олонецкому архиерейскому дому, в 1857 г. стала самостоятельной. В середине XIX в. в пустыни велось активное строительство. Трудами хозяйственной комиссии была отреставрирована старинная деревянная Благовещенская церковь, построенная в 1675 г. (не сохранилась), на средства петрозаводского купца Марка Пмиеновича Пименова в 1853–1855 гг. сооружён каменный Преображенский храм. В храме над погребением Ионы была устроена деревянная резная рака. В обители хранились связанные с преподобным вещи: кожаные дорожные сумки и вырезанный им из карельской берёзы малый ковшец для теплоты, используемый на литургии. Пещера святого, в которой находились каменное ложе и стол, стала местом паломничества, рядом с ней была устроена часовня, разрушенная в XX в. Свидетельством общецерковной канонизации Ионы исследователи считают внесение его имени в начале XX в. в «Верный месяцеслов всех русских святых, чтимых молебнами и торжественными литургиями общецерковно и местно» (М., 1903 г.); существует молитва к Ионе. В 1918 г. Яшезерская пустынь была закрыта. Постройки использовались в хозяйственных целях, в них располагались пенитенциарные учреждения, летние лагеря, другие учреждения. В 2000 г. архитектурный ансамбль Ионо-Яшезерского монастыря был признан памятником культуры. В 2003 г. руинированные монастырские постройки, в том числе здание Преображенского собора, были переданы церкви, обитель была возобновлена. Ранние изображения Ионы исследователям неизвестны; по их мнению, они могли быть связаны, в основном, с Благовещенской пустынью в Яшезере и с окрестными храмами. В конце XVIII – XIX вв. существовал извод, где фигура преподобного в куколе представлена на фоне обители (подворье Ионо-Яшезерского монастыря в селе Шелтозере). Небольшой по размеру, очевидно, паломнический, образ, на котором святой был изображён молящимся на берегу озера, утрачен несколько лет назад при пожаре строящегося храма Николая Чудотворца в селе Ладва. На крышке раки Ионы находился его рельефный ростовой образ (серебряная риза – вклад 1856 г.). Образ Ионы встречается в композиции «Собор святых, в земле Карельской просиявших», которая предположительно была разработана на Валааме или в Санкт-Петербурге в мастерской Пешехоновых. Три сохранившиеся иконы этого извода, выполненные в живописной манере, датированы 1876 г. Икона большого размера работы Василия Макаровича Пешехонова и его мастеров находилась в местном ряду церкви во имя Всех преподобных, в посте просиявших, на игуменском кладбище Валаамской обители (в настоящее время в домовой церкви Церковного управления Финляндской православной церкви в Куопио, Финляндия (упоминается в описях имущества Валаамского монастыря 1912, 1942 гг.).