По мнению исследователей, за время управления Ионой Яшезерским монастырём пустынь приобрела земельные и промысловые угодья, зафиксированные в писцовой книге 1628–1629 гг. князя Ивана Долгорукого и подьячего Посника Ракова: «...На чёрном лесу на новых росчистях пашни паханые земли осмина с четвериком, а лесом поросло четверть с осминою в поле, а в дву по тому ж. Сена на реке на Муромле 60 копен. Да у них же рыбная ловля в Яшъозере да Яшъозерском ручью». По мнению исследователей, в начале XVII в. царь Василий Иванович Шуйский пожаловал пустыни земельные наделы. В описании 1628/1629 гг. зафиксированы вклады, сделанные в Яшезерский монастырь представителями царского дома, церковными иерархами и др., По мнению исследователей, в то время, когда монастырём управлял Иона. В Благовещенской церкви хранились книги, пожертвованные царями Фёдором Ивановичем (Служебник, Цветная Триодь) и Василием Шуйским (Цветная Триодь с записью), царицей-инокиней Марфой (богато украшенное Евангелие, Псалтирь, Часовник), Новгородским митрополитом Исидором (Шестоднев), соловецкими игуменами Иаковом и Иринархом (Апостол, Минеи, Пролог, Шестоднев, Ирмологий), строителем Ионой; по мнению исследователей, это был Иона или монах с тем же именем (Служебник, пергаменные Апостол и Пролог). По мнению Елпидифора Васильевича Барсова, царица-инокиня Марфа могла узнать о Благовещенской пустыни во время ссылки в Толвуйский погост (1601–1606 гг.). По крайней мере, одна рукопись из библиотеки Яшезерской обители сохранилась: Часовник первой половины XVI в. – вклад монаха Святогорского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря Андрея. В писцовых книгах 1628–1629 гг. отмечено, что насельниками обители в этот период были три инока и иеромонах Иона (в писцовых книгах он не назван строителем, а промежуток в 50 лет между первым упоминанием пустыни и составлением писцовых книг не позволяет исследователям отождествить этого Иону с Ионой Яшезерским). При Ионе в обители были построены церкви в честь Благовещения с приделом Николая Чудотворца и в честь Преображения Господня (второй храм впервые внесён в писцовые книги 1628–1629 гг.), колокольня, три братские кельи и ограда, колёсная мельница на ручье. По преданию, зафиксированному в донесении яшезерской хозяйственной комиссии Олонецкому и Петрозаводскому архиепископу Аркадию (Фёдорову; 1851–1869 гг.), Иона прокопал канал из Яшезера в озеро Сенное для лучшей рыбной ловли. По делам монастыря часто совершал путешествия верхом, для хозяйственных нужд вытачивал из дерева предметы. Иона оставил завещание (не сохранилось). В описи Яшезерской пустыни 1724 г., хранившейся в Олонецком архиерейском доме, сообщалось о «ветхом» духовном завещании Ионы за подписью его духовного отца Макария, иеромонаха Машезерской пустыни во имя пророка Илии. По преданию, зафиксированному в работах современных историков монастыря, Господь открыл преподобному день его кончины, и он, приняв образ великой схимы, удалился в пещеру в полутора верстах от монастыря, где вскоре его тело нашла братия. Иона был погребён в притворе монастырского Преображенского храма. По другим данным, его мощи покоились под спудом в часовне под колокольней. В 1721 г. Яшезерская пустынь была приписана к Александрову Свирскому монастырю, накануне секуляризационной реформы обитель подчинялась Клименецкому во имя Святой Троицы монастырю.