В 1533 г. Иона, как и всё московское духовенство, участвовал в погребении великого князя Василия III в московском Архангельском соборе. В подробном летописном рассказе о болезни и смерти великого князя среди приходивших к нему духовных лиц чудовский архимандрит не упоминается, что не позволяет исследователям отнести его к кругу лиц, близких к этому государю. После сведения с митрополии в 1539 г. Даниила Иона был одним из трёх кандидатов на всероссийскую кафедру, но поставлен был архимандрит Троице-Сергиева монастыря Иоасаф (Скрипицын). В 1539 г.  Даниил Переславский сообщил митрополиту Иоасафу об обретении мощей Смоленского князя Андрея Переяславского (ум. в 1390 г.) и о совершающихся от них чудесах. Митрополит направил в Переславль-Залесский комиссию «от священных избранных мужей: чудовьсково архимандрита Иону, сановита суща, иже последи бысть епископ Суждалю, и богородицкого протопопа Гурия, мужа нарочита и благоговейна, видети мощи и устроити о них по достоиньству, якоже лепо быти». После прибытия в Переславль посланцы митрополита направились в Никольский храм, где «мощи видевше и над мощми понахиде певше. Чюдовский же архимандрит Иона, яко истязуя, вопрошаше Данила: «Коея ради вины взыскал еси мощей сих и от кого повеление взем?»» (Полное собрание русских летописей, том 21, часть 2). Даниил ответил, что сообщал о мощах князя Андрея великому князю и митрополиту и что есть созданные ранее икона святого и служба ему, представил исцелившихся у мощей при их открытии. «Архимандрит же к Данилу рече: “Господин митрополит глаголет, яко неизвестно ему о сих, ни пакы же повелех что”» (Полное собрание русских летописей, том 21, часть 2). В ответ Даниил предрёк предстоящие бедствия членам комиссии. Впоследствии, как пишет составитель Жития преподобного Даниила, «архимандрита же Иону многы скорби постигоша и людскаго имения болезено истязуем бе, едва от сих свобод быв». Евгений Евстигнеевич Голубинский считал, что представители митрополита были неудовлетворены малым количеством чудес и скудостью сведений о жизни князя Андрея. В Описи царского архива указан «Отпуск на Двину в Онтоньев монастырь на Сею старца Ионы Чюдовского с сытником с Пятым с Ыльиным» (Государственный архив России XVI ст.: Опыт реконструкции). По мнению исследователей, в документе речь идет об Ионе. В 1542 г., когда митрополитом стал Макарий, Иона был одним из кандидатов на Новгородскую кафедру, но Новгородским архиепископом был поставлен Феодосий. 21 февраля 1544 г. митрополитом Макарием с Собором архиереев Иона был хиротонисан во епископа Суздальского и Тарусского вместо скончавшегося епископа Ферапонта. 24 февраля того же года был «поставлен Макарием митрополитом епископ на Крутицу Сава, архимарит симановьский» (Полное собрание русских летописей, том 13, часть 1), вероятно, в его хиротонии участвовал новый Суздальский владыка. Иона присутствовал на первом Соборе 1547 г., когда был прославлен Макарий Калязинский.