Иов во время восстания покинул Киев и нашёл пристанище в Трахтемировском монастыре – обители, находившейся под особым покровительством Запорожского войска. После достаточно долгого перерыва Иов участвовал в казацкой раде, собравшейся в Черкассах в июле 1630 г. Отправленные в Варшаву казацкие послы снова требовали «свободы веры». Когда в январе 1631 г. униатский митрополит Иосиф Рутский посетил Киев, очевидно, чтобы возобновить переговоры о соединении церквей, Иов с ним не встречался, а Рутский отметил в отчёте о поездке, что митрополита в Михайловском монастыре оберегают 60 казаков, и он никуда не ходит без охраны. Возможно, перемены в отношениях Иова с властями Речи Посполитой и Запорожским войском были связаны с получением известий о приближающейся войне между Речью Посполитой и Русским государством. Контакты между Иовом и высшей светской и церковной властью Русского государства (царём Михаилом Фёдоровичем и патриархом Филаретом), которые установились к 1625 г., во второй половине 1620 гг. продолжались непрерывно. Иова часто посещал главный русский агент на Украине, путивльский сын боярский Григорий Гладкий, которого митрополит снабжал разнообразной информацией о положении дел в Польско-Литовском государстве. В Москву от митрополита приезжали посольства с разными поручениями и просьбами о помощи. В грамоте 1627 г., адресованной царю и патриарху, Иов писал, что православным Речи Посполитой подобало бы «вашим державным царским повиноватися скифетрам», но за грехи приходится «иноверным работати... властям попущением Господним» (Российский государственный архив древних актов). Митрополиту и духовным лицам, за которых он просил, постоянно оказывалась помощь. В грамоте, посланной в Москву в 1628 г., Иов писал, что если бы не эта помощь, то пришлось бы «оставльшу все и благочестивые останки в граде и в земли, бежати в далнуу страну, где без вести» (Российский государственный архив древних актов). Контакты Иова с Москвой стали более частыми в начале 1630 г. В марте этого года в русскую столицу приезжал брат Иова Андрей с письмами к царю и патриарху, в которых содержались просьбы о помощи в проведении строительных работ на территории Михайловского монастыря, и с «изустным приказом», который, вероятно, был связан с начинавшимся в то время на Украине казацким восстанием (Российский государственный архив древних актов). С Андреем Иову отправили 200 руб.