В начале XVIII в. служка Марк Яковлев «явил у переписки» царскую грамоту, по которой слугам, «буде они служни дети, а отцы их на службах великих государей бывали, а иные и побиты, а они в том монастыре служат на отцовских и братьиных местах по-прежнему, и денежное и хлебное жалованье велено давать, збирая с крестьян». В 1752 г. слуги Иннокентиева Комельского монастыря подали епископу Вологодскому и Белозерскому прошение о выдаче им хлебного и денежного жалованья, как это было указано в документах XVII в., поскольку монастырские крестьяне, на которых была возложена данная обязанность, выполнять её отказались и «чинятся ему, игумену, не послушны» (Государственный архив Вологодской области). В начале XVIII в. служебники, выполнявшие различные хозяйственные работы, были самой многочисленной категорией населения обители (19 человек). Большинство (14 человек) были выходцами из вотчинных крестьян, были также дети служебников (два человека) и священника (один человек) и отставной стрелец. По ведомости конца 1730 – начала 1740 гг., в Иннокентиевом Комельском монастыре проживали пять слуг, которые обрабатывали по 2 десятины пашни. Перечислены по трое больничных, келейников, конюхов, по двое поваров и скотников, трапезник, житенной, подкеларник, польщик, хлебопекарь, ясельничий, портной. Они получали от 20 до 90 коп. Также за монастырский счёт жили отставные капитан и гвардии солдат. До разорения казанскими татарами 1538 г. в Иннокентиевом Комельском монастыре была, по мнению исследователей, одна церковь – в честь Третьего обретения главы Иоанна Предтечи. Позже был выстроен Преображенский храм с трапезой, который и стал соборным. В 1620 гг. обе церкви оставались деревянными. В писцовой книге 1627–1632 гг. упоминается также часовня, где почивали мощи Иннокентия (Российский государственный архив древних актов); исследователи полагают, что её построили над могилой преподобного в 1620 – начале 1630 гг. Наиболее ранний из сохранившихся списков Жития Иннокентия относится к началу 1630 гг. По мнению исследователей, именно в это время интерес к наследию святого в его обители возрос. В 1691/1692 г. в Иннокентиевом Комельском монастыре случился пожар, в котором, как полагают исследователи, пострадали многие монастырские здания, в частности, казённая келья. К 1701 г. в Иннокентиевом Комельском монастыре стояла тёплая Преображенская церковь с трапезой и келарской. Напротив трапезы и келарской располагалась рублёная брусяная паперть, «над всходами два шатра», под церковью были холодные «житья». В храме среди других икон «по левую сторону северных дверей» был образ Иннокентия, «писан на золоте». В холодной «клетчатой» Предтеченской церкви в «книгохранительном аналое» располагалась библиотека, в отдельном сундуке хранились ризы.