Незадолго до 1701 г., когда Иннокентиев Комельский монастырь оказался не в состоянии возвращать долги, в нём появилась новая игуменская келья. В довершение всего игумен Акила за связь с крестьянкой был лишён игуменства и отправлен в Павлов Обнорский монастырь. Об экономическом упадке Иннокентиева Комельского монастыря свидетельствует и «промемория» 1723 г., которую из канцелярии Вологодской провинции отправили в казённый приказ архиепископа Вологодского и Белозерского Павла для определения размера налогов с вологодских духовных корпораций. В ведомости указывалось всего 90 дворов, которые были приписаны к Иннокентиеву Комельскому монастырю. Это число было условным по сравнению с данными описи 1701 г., на которую идёт ссылка в «промемории»: оно было занижено более чем на четверть. Платить налоги исходя из реального числа дворов монастырь, судя по всему, не мог. Ежегодно с него брали очень небольшую для 1720 гг. сумму – 15 руб. 1 деньгу. К 1723 г. сократились и масштабы животноводческого хозяйства. Более чем в два раза уменьшилось поголовье лошадей (их стало 39), почти в четыре раза меньше стало стадо коров (24), на 15 голов сократилось стадо овец, а разведением коз заниматься перестали. В 1764 г. Иннокентиев Комельский монастырь был упразднён, соборная Преображенская церковь обращена в приходскую. В 1795 г. её причт составляли священник, дьякон, дьячок и пономарь (Государственный архив Вологодской области). В 1830 г. прихожанами храма были 386 мужчин – экономические крестьяне из деревень, ранее принадлежавших Иннокентиеву Комельскому монастырю (Государственный архив Вологодской области). В 1787 г. над мощами Иннокентия была построена новая деревянная Благовещенская церковь, в 1858 г. возведён новый, каменный Преображенский храм. К началу ХХ в. на месте бывшего Иннокентиева Комельского монастыря в селе Подмонастырская Слободка (Слободка) действовали две церкви: каменная Преображенская и деревянная Благовещенская. По рассказам старожилов расположенной рядом деревни Большая Дворища Грязовецкого района, Преображенский храм был закрыт вскоре после 1917 г., а разрушен в 1930 гг. В 1936 г. была закрыта и вскоре разрушена Благовещенская церковь. Семью последнего священника Благовещенского храма Алексия выслали. По воспоминаниям местных жителей, большая икона Иннокентия Комельского из Благовещенской церкви была перенесена в грязовецкий храм в честь Воздвижения Креста Господня. К 2009 г. на месте обители (в урочище Слободка на реке Еде Грязовецкого района Вологодской области) находилось кладбище. На месте Благовещенской церкви и погребения Иннокентия Комельского поставлен крест, у которого в день памяти преподобного совершаются богослужения. Почитается источник, расположенный в 1,5 км от бывшего Иннокентиева Комельского монастыря вниз по реке Еде. По преданию, он был известен ещё преподобному Иннокентию.