13 января 1847 г. Игнатий был назначен на Воронежскую и Задонскую кафедру. Отбыл из Новочеркасска 11 февраля, прибыл в Воронеж 16 февраля. Вечером того же дня в Митрофановом воронежском в честь Благовещения Пресвятой Богородицы монастыре его встречали викарный Острогожский епископ Елпидифор (Бенедиктов) и городское духовенство. В монастыре Игнатий стремился утвердить правила монашеского чина, увеличил капитал обители с 20 до 70 тыс. руб. По благословению Игнатия жители пригородной слободы Монастырщенки приступили к строительству каменной Успенской церкви, завершённому в 1848 г. 19 апреля 1848 г. Игнатий был вызван для присутствия в Синод, 4 мая выехал из Воронежа. Осенью 1849 г. в Санкт-Петербурге тяжело заболел ревматизмом. В начале января 1850 г. написал духовное завещание, согласно которому его печатные сочинения были отправлены во все приходы Пинежского и Мезенского уездов, а личная библиотека и старинные рукописи – в Олонецкую духовную семинарию (большая часть собрания погибла при перевозке). Скончался на Митрофановском синодальном подворье. Отпевание 23 января 1850 г. возглавил Санкт-Петербургский и Новгородский митрополит Никанор (Клементьевский), который ранее в сане епископа Ревельского участвовал в хиротонии Игнатия. Во время отпевания служили Иннокентий (Борисов) Херсонский, Нижегородский архиепископ Иаков (Вечерков), Ревельский епископ Нафанаил (Савченко), Рижский епископ Платон (Городецкий), Винницкий епископ Евсевий (Орлинский), протопресвитер Василий Бажанов, обер-священник армии и флота Василий Кутневич и др. Надгробную речь произнёс инспектор Санкт-Петербургской духовной академии архимандрит Макарий (Булгаков; впоследствии Московский митрополит). Игнатий был погребён в Феодоровской церкви Александро-Невской лавры. На могиле была установлена шлифованная плита из олонецкого порфира. По отзывам современников, Игнатий отличался «пленительной кротостию нрава», любил часто совершать богослужения, проповедовать. Издал более двадцати книг, более десяти осталось в рукописи. Награждён орденами св. Анны второй (1826 г.) и первой (1830 г.) степени, императорской короной к ордену первой степени (1837 г.), орденом св. Владимира второй степени (1846 г.).