10 августа того же года стал настоятелем Антония Римлянина в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря, 28 августа – членом Новгородской духовной консистории. Преподавал догматическое, нравственное, основное и пастырское богословие и герменевтику по собственным разработкам. Положил начало преподаванию в семинарии церковной археологии (подготовил курс лекций). Большие успехи при Игнатии показал выпуск 1825 г.: пять человек поступили в Санкт-Петербургскую духовную академию, а второй по списку выпускник Иван Иванович Боголюбов (впоследствии Екатеринбургский епископ Ириней) отказался от обучения в академии, чтобы остаться при Игнатии и слушать его лекции по богословию. Игнатий составил церемониал встречи тела почившего императора Александра I в Новгороде, за что был удостоен памятной серебряной медали. 25 ноября 1827 г. избран, 3 декабря того же года утверждён епископом Старорусским, викарием Новгородской епархии. Хиротония состоялась 26 февраля 1828 г. в Казанском соборе Санкт-Петербурга. В воскресные и праздничные дни Игнатий совершал богослужения в соборе Святой Софии в Новгороде. 21 апреля 1828 г. в пределах Олонецкой губернии была учреждена самостоятельная епархия, и Игнатий «по отличию» был избран Святейшим Синодом на новую кафедру. 22 мая утверждён епископом Олонецким и Петрозаводским. Прибыл в Петрозаводск 7 августа, 12 августа совершил первую литургию в Петропавловском соборе, ставшем кафедральным. В благословение новой епархии Святейший Синод передал 72 частицы мощей Киевских и Новгородских чудотворцев, которые 17 ноября 1829 г. были торжественно встречены в Петрозаводске. По призыву Игнатия горожане соорудили кипарисовую плащаницу для собора, в которую были вложены мощи. Празднование перенесения св. мощей было установлено совершать 17 ноября или в предшествующее воскресенье. Ризницу для Игнатия предоставили митрополит Серафим (Глаголевский) и Московский митрополит Филарет (Дроздов). Вскоре Игнатий организовал духовную консисторию и епархиальное попечительство о бедных духовного звания, создал архиерейский хор, позже приобрёл и обустроил архиерейский дом. Добился передачи епархии угодий упразднённого Клименецкого во имя Святой троицы монастыря, а также причисления к епархии действующих Андрусовской во имя Николая Чудотворца и Сяндемской в честь Успения Пресвятой богородицы пустыней, которые игумен Иннокентий (Моруев) приписал к Спасо-Преображенскому Валаамскому монастырю. Для урегулирования статуса этих пустыней игумен Иннокентий (Моруев) отправился в Петрозаводск, где 22 сентября 1828 г. скончался. Архиерей получил разрешение доставить тело игумена на Валаам, о чём просил почивший, и распорядился о совершении литии у каждой церкви по пути погребальной процессии.