В историографии принята точка зрения, что перед смертью святитель благословил на Новгородскую кафедру своего ученика Ефрема, однако тот не был хиротонисан, и кафедра вдовствовала до 1036 (или 1034) г., когда её занял ставленник киевского князя Ярослава (Георгия) Владимировича Мудрого Лука Жидята. Мнение о благословении Иоакимом Ефрема на Новгородскую кафедру основано на сообщении «Летописца...» XVII в. Однако в древнейших летописях об этом не сообщается, кроме того, такая практика не характерна для Русской церкви в XI в. В восходящих к XII в. летописных каталогах Новгородских владык говорится, что после Иоакима, управлявшего епархией 42 года, «бе в него место ученик его Ефрем, иже нас учаше» (Новгородская первая летопись, Полное собрание русских летописей). В перечне Новгородских владык в Комиссионном списке Новгородской первой летописи (XV в.) Ефрем среди епископов не указан (Новгородская первая летопись). По мнению исследователей, Ефрем, скорее всего, после кончины Иоакима был местоблюстителем кафедры. Слова летописи об учительной деятельности Ефрема, исследователи склоны понимать как свидетельство преподавания в школе, устроенной в Новгороде князем Ярославом Мудрым в 1030 г. Традиционно считается, что Иоаким был погребён в церкви святых Иоакима и Анны. Его местное почитание началось, по мнению исследователей, после того как Новгородский архиепископ Евфимий II Вяжицкий в 1439 г. установил ежегодное совершение панихид по погребённым в Софийском соборе князьям, княгиням и святителям Новгородским. Несмотря на то что останки Иоакима в то время покоились вне собора, большинство исследователей относят установление его местного почитания ко времени Евфимия II. 12 октября 1699 г. состоялись обретение и перенесение мощей Иоакима из «каменной полатки» (как полагают исследователи, оставшейся от древней церкви святых Иоакима и Анны) в Софийский собор, о чём под соответствующим годом сообщает так называемая Новгородская третья летопись: «Пренесены мощи из каменной полатки в собор и погребены в Золотой паперти подле Луки епискупа перваго епискупа Иоакима Корсунянина, точию кости едины, а в земли беша 668 лет». Исследование некрополя новгородского Софийского собора в XX в. показало, что в захоронении Иоакима в XVII в. или раньше были соединены останки нескольких человек. В месяцесловах память Иоакима вместе с памятями других Новгородских святителей указана под 10 февраля и 4 октября. «Святый Иоаким, первый епископ Новгородский, родом корсунянин» назван в «Описании о российских святых» (сочинение известно исследователям в списках XVIII–XIX вв.), где кончина святителя отнесена к 6541 (1032/1033) г. Канонизацией Иоакима исследователи считают включение его имени в Собор Новгородских святых при возобновлении празднования Собору в 1981 г. (празднование учреждено около 1831 г.).