Европейские державы выразили протест против условий договора, под их давлением Александр II был вынужден согласиться на созыв общеевропейского конгресса в Берлине. Н.П. Игнатьев в мае 1878 г. был отправлен в отпуск по состоянию здоровья и в Берлинском конгрессе участия не принимал. 6 июля 1879 г. был назначен временным нижегородским генерал-губернатором, способствовал увеличению товарооборота Нижегородской ярмарки. 25 марта 1881 г. был назначен министром государственных имуществ, а 4 мая того же года – министром внутренних дел. За короткий срок Н.П. Игнатьев добился прекращения деятельности террористической организации «Народная воля», укрепил административно-полицейский аппарат, усилил работу охранных отделений. Значительно активизировал деятельность цензуры, разработал проект учреждения Верховной комиссии по делам печати (утверждён 27 августа 1882 г.). По его инициативе 25 мая 1881 г. была учреждена межведомственная комиссия для выработки мер по усилению надзора за учащейся молодёжью. После прошедших в апреле-июле 1881 г. на юго-западе России еврейских погромов Н.П. Игнатьев 19 октября того же года учредил при министерстве Центральный комитет для рассмотрения еврейского вопроса, который разработал «Временные правила о евреях» (3 мая 1882 г.), включавшие ограничение права на жительство евреев вне определённых городов и местечек, запрет аренды ими недвижимого имущества. При Н.П. Игнатьеве был принят ряд мер по улучшению экономического положения крестьян: повсеместно были понижены выкупные платежи, временнообязанные крестьяне переведены на обязательный выкуп, отменена подушная подать, введены льготы по аренде казённой земли, организованы общественные работы и переселение крестьян на свободные земли. В 1881 г. он учредил Особую комиссию для составления проектов реформы местного управления. Считал необходимым расширить полномочия органов местного самоуправления при условии запрета вторжения их в политическую сферу. Н.П. Игнатьев продолжил проводившийся после Польского восстания 1863–1864 гг. курс на уменьшение влияния польского и немецкого дворянства, а также католического и лютеранского духовенства в западных губерниях. Настаивал на последовательном введении русского языка в государственных, судебных и образовательных учреждениях Польши.