В результате распространения православия исчезали такие обычаи, как убийство престарелых родителей, алеуты отказывались от многожёнства и беспорядочных половых связей, старались жить по новым нравственным правилам. Одним из слагаемых успеха проповеди пастыря было то, что он избегал насилия в вопросах веры: терпеливо ждал, когда местные жители добровольно изъявят желание креститься, не поощрял крещеных подарками. Священник Иоанн считал важным сохранять национальную самобытность народов, не подчинять миссионерскую проповедь задаче русификации: «...Надобно стараться вывесть дикаря из его грязной жизни; но, очищая нечистоту с его тела, надобно быть осторожным, чтобы не содрать с него и природной его кожи и тем не изуродовать его. Надобно выводить дикарей из мрака невежества на свет познаний, но осторожно, чтобы не ослепить их...». Священник Иоанн освоил алеутский язык, создал алеутский алфавит на кириллической основе, сформулировал основы грамматики. При помощи алеута Ивана Панькова перевёл на алеутский язык «Начатки христианского учения, или Краткую священную историю, и Краткий катехизис» Московского митрополита Филарета (Дроздова; книга издана в Санкт-Петербурге в 1834 г. и стала первой опубликованной на алеутском языке). Перевёл Евангелие от Матфея, наиболее употребительные молитвы и церковные песнопения, составил и в 1836 г. опубликовал первый алеутский букварь. Среди проповедей священника Иоанна на Алеутских островах исследователям наиболее известны «Слово на день святителя Николая и тезоименитства государя императора Николая Павловича» (1827 г.), «Слово в неделю Сыропустную и в день святителя Иннокентия» (1828 г.), «Слово в великий пяток» (1836 г.), «Слово в неделю пятую Святого поста» (1838 г.) и др. Его главный катехизаторский труд «Указание пути в Царство Небесное» (1833 г.) был сначала написан на алеутском языке и представлял собой огласительные беседы с алеутами; впоследствии переведён на русский (выдержал более 50 изданий), якутский, алтайский, шорский, монголький и другие языки и стал одним из лучших пособий для православных миссионеров. За успешные пастырские труды священник Иоанн в 1834 г. был награждён наперсным крестом и переведён на остров Баранова в порт Новоархангельск – административный центр Русской Америки. Совершал службы в церкви архангела Михаила, собрал большие часы для колокольни. В 1834–1839 гг. проповедовал у колошей (тлинкитов), которые относились к православию недоверчиво. В 1836–1837 гг. остров Баранова был охвачен эпидемией оспы. Священник Иоанн призывал тлинкитов делать прививки, чем не только спас, но и подвиг многих из них к обращению в православие. На острове организовал несколько духовных училищ, больницу и сиротский дом.