Осенью 1613 г. для освобождения Новгорода из Москвы направилась армия под командованием князя Дмитрия Тимофеевича Трубецкого. Потерпев поражение под Бронницами, войско остановилось, и воевода вступил в переговоры с новгородскими властями. В 1614 г. шёл обмен посольствами между Исидором и князем И.Н. Одоевским Большим с одной стороны и князем Д.Т. Трубецким, который призывал новгородское правительство принести присягу Михаилу Фёдоровичу, с другой. В конце 1614 – начале 1615 гг. Исидор вступил в опасные для него переговоры с русским правительством. Митрополит и воевода получили несколько царских грамот (Российский государственный архив древних актов). Царь Михаил Фёдорович упрекал Исидора за двойственную позицию и непостоянство, но обещал простить все «вины». Переписка завершилась тайным посольством 1615 г. из Новгорода в Москву, в которое входили архимандрит Варлаамиева Хутынского в честь Преображения Господня мужского монастыря Киприан, Яков Михайлович Боборыкин, М. Муравьёв. По мнению Варвары Гелиевны Вовиной-Лебедевой, в 1615 г. отношение правительства царя Михаила Фёдоровича к Исидору было жёстким. Тем не менее, в русской дипломатической переписке Исидор был представлен как мученик. В грамоте 1615 г. Михаила Фёдоровича к французскому королю говорилось о разорении Новгородской митрополии шведами и об удержании Исидора в неволе. Согласно Столбовскому мирному договору со Швецией от 27 февраля 1617 г., Швеция признала русским монархом Михаила Фёдоровича и вернула России Новгород. При освобождении Новгорода Исидор совершил крестный ход, молебном встретил прибывших из Столбова русских послов. Царь отправил в Новгород грамоту, в которой благодарил новгородцев за верность, хвалил за стойкость в период «немецкого плена», прощал временное отступничество. В грамоте давалась высокая оценка архипастырской деятельности Исидора, его ожидали в Москве. В марте 1617 г. в Новгород приехал назначенный из Москвы воевода князь Иван Андреевич Хованский, которого Исидор встретил с почестями. Составленная после освобождения Новгорода опись показывает грандиозные масштабы разграбления города и опустошения святынь. После освобождения Новгорода оставшиеся в городе шведские пленники сохранили вероисповедание и не подвергались перекрещиванию (в отличие от пленников в Пскове). По мнению исследователей, Исидор просил Михаила Фёдоровича отпустить его на покой в Соловецкий монастырь.