В обмен на обещание не заключать союзов, враждебных императору, протестантские князья получили гарантии на земли, которые отошли им до 1552 г.; на сорок лет продлевалось владение землями, присвоенными ими после 1552 г. Пражский мир открыл возможность для начала переговоров, получивших оформление в Вестфальском мире 1648 г. На переговорах, завершивших Тридцатилетнюю войну, в религиозном вопросе австрийские Габсбурги отделяли Римско-Германскую империю от других своих владений. В империи Фердинанд III был готов идти на уступки, но в отношении наследственных земель занял твёрдую позицию – религиозные свободы в Австрии и Чехии не были восстановлены. В 1645 г. в Линце был заключён мир между Фердинандом III и трансильванским князем Дьёрдем I Ракоци, участником антигабсбургской коалиции. Под влиянием военных успехов Ракоци в Венгрии Фердинанд III был вынужден подтвердить религиозные свободы венгров, в том числе и крестьян, и гарантировать имущественные права протестантов, свободу отправления культа. В отличие от других стран в Венгрии религиозные свободы распространялись и на кальвинистов. Вместе с тем Габсбурги не отказывались от защиты католической церкви. К середине XVII в. большинство аристократических семей и часть дворянства вернулись в католицизм. Особенно больших успехов католическая церковь в Венгрии достигла в правление преданного католицизму императора Леопольда I, который, будучи младшим в семье, изначально готовил себя к духовной карьере. Под предлогом борьбы с сословной оппозицией в Венгрии и заговорами аристократии в 1671 г. в Венгрии были казнены несколько крупных государственных деятелей, на десять лет приостановлена работа сословных учреждений, а управление страной передано специально созданному комитету. Под руководством особых трибуналов был проведён ряд массовых судебных процессов против протестантских пресвитеров и проповедников. Последовавшее вооружённое выступление против Габсбургов было поддержано Трансильванией и осложнилось подстрекательством со стороны Франции и Оттоманской Порты. Попытка Леопольда I прийти к соглашению на Государственном собрании 1681 г. и обещание восстановить на землях магнатов свободу вероисповедания и отправления культа не дали должных результатов. Успехи Габсбургов и войск международной коалиции в войне с турками (1683–1699 гг.), которые привели к освобождению Венгрии, изменили ситуацию в пользу правящей династии. Венгрия была объявлена наследственной монархией Габсбургов. Однако Леопольд I не решился официально отменить все религиозные свободы, подтвердив закон о протестантах 1681 г. Император Карл VI (1711–1740 гг.) подавил последнее антигабсбургское освободительное движение в Венгрии и Трансильвании под предводительством Ференца II Ракоци. Сатмарским мирным договором (1711 г.) в отношении протестантов Венгрии предусматривалось соблюдение законов 1681 и 1687 гг.