Сыну Карла II Штирийского Фердинанду (император Фердинанд II, 1619–1637 гг.) после смерти отца (1590 г.) досталась в значительной степени возвращённая в католицизм Австрия. Фердинанд был воспитан иезуитами, получил образование в Грацском и Ингольштадтском университетах и всю жизнь поддерживал орден. В 1596 г., во время принесения сословиями присяги, он отказался принять условия протестантских сословий. При Фердинанде эмиграция протестантов из Штирии, Каринтии и Крайны приняла массовый характер. В Венгрии ситуация на рубеже XVI–XVII вв. осложнилась в связи с неудачами в Пятнадцатилетней войне против турок (1593–1606 гг.). Недовольство венгров королём было вызвано также и тем обстоятельством, что, нуждаясь в деньгах, он начал судебные процессы против самых известных и богатых людей Венгрии (Иллешхази, Бочкаи, Хомоннаи и др.), обвинив их в отступлении от веры и в государственной измене, имущество осуждённых было конфисковано в пользу казны. Религиозный вопрос в подвластных австрийским Габсбургам странах приобретал политическую окраску. Габсбурги использовали Контрреформацию для усиления своей власти, оттесняя сословия с их традиционными институтами. В 1604 г. в Венгрии началось открытое выступление сословий против Рудольфа II, возглавленное Иштваном Бочкаи и поддержанное главным соперником Рудольфа эрцгерцогом Матиасом. Венский мир (1606 г.) предоставил венгерским протестантам религиозные свободы, распространяя их не только на дворян, но и на горожан и солдат пограничных крепостей, гарантировал неприкосновенность имущества протестантских общин, отказ от дискриминации протестантов при назначении на государственные должности и т.д. Но преобладающая позиция католической церкви в Венгрии была сохранена. В 1608 г. сословиями Венгрии, Моравии, Нижней и Верхней Австрии была создана конфедерация, поддержанная эрцгерцогом Матиасом, в пользу которого Рудольф II был вынужден отказаться от этих владений. В 1609 г. Матиас подписал «Капитуляцию» («Capitulations-Resolution»), по которой свобода вероисповедания предоставлялась господам, рыцарям, городам и местечкам Нижней и Верхней Австрии. Под влиянием успехов конфедерации чешские и силезские сословия, сохранявшие верность Рудольфу II, но не получившие от него никаких уступок в религиозном и политических вопросах, в 1609 г. заключили союз и стали угрожать королю восстанием и переходом на сторону Матиаса. Рудольф II был вынужден удовлетворить требования сословий, что было зафиксировано в «Грамоте величества» («Majestätsbrief») от 9 июля 1609 г. Трём сословиям Чехии (господам, рыцарям и горожанам) гарантировалось соблюдение «Чешской конфессии, которую некоторые называют Аугсбургской», утверждённой Максимилианом II в 1575 г. Особым документом («Примирением») оговаривалась свобода вероисповедания «чешских братьев».