18 января 1409 г. король подписал Кутногорский декрет, по которому немцы лишались всех привилегий в университете. Около 2 тыс. немцев покинули Прагу. В 1409–1410 гг. Ян Гус был вновь избран ректором. 10 марта 1410 г. в Праге была обнародована булла антипапы Александра V (1409–1410 гг.) от 20 декабря 1409 г., согласно которой надлежало искоренить еретические учения, особенно уиклифизм, запретить проповеди в часовнях. Книги Дж. Уиклифа были сожжены, Ян Гус и его сторонники отлучены от церкви. При посредничестве чешского короля конфликт удалось остановить – произошло официальное примирение Яна Гуса с католической церковью: в 1411 г. Ян Гус провозгласил исповедание веры, признанное соответствующим вероучению Римско-католической церкви. В ответ на призыв антипапы Иоанна XXIII (1410–1415 гг.) к Крестовому походу против Неаполитанского короля Владислава (поддерживавшего папу Григория XII), средства на который собирали, продавая индульгенции (в Праге с мая 1412 г.), и участникам которого обещали полное прощение грехов, 7 июля 1412 г. Ян Гус на публичном диспуте в Пражском университете выступил с осуждением практики продажи индульгенций, заявив, что папа Римский не Бог, а потому не может прощать грехи. В городе начались волнения. 10 июля в г. Жебраке собрался Королевский совет из 12 обвинителей, осудивший деятельность Яна Гуса. 29 июля 1412 г. он был объявлен еретиком и отлучён от церкви; на Прагу накладывался интердикт: во всех пражских храмах запрещались богослужения до тех пор, пока Ян Гус не удалится из города. Ян Гус переселился в крепость Кози-Градек, где написал «Трактат о Церкви» («Tractatus de Ecclesia», 1413 г.). В августе 1414 г. он приехал в Прагу на заседание синода, но не получил разрешения присутствовать на нём. 11 октября того же года Ян Гус выехал из Краковца в Констанц на заседание Собора. Несмотря на охранную грамоту от императора Сигизмунда I Люксембурга, 28 ноября Ян Гус был арестован. С 6 декабря 1414 г. по 24 марта 1415 г. находился в заточении в доминиканском монастыре, где заболел. 24 марта 1415 г. был тайно перевезён в замок Готтлебен. Под давлением друзей Яна Гуса император Сигизмунд был вынужден потребовать его перевода в Констанц, в тюрьму францисканского монастыря, для участия в публичных слушаниях на Соборе (5, 7 и 8 июня). Констанцским собором было принято решение, что сочинения Яна Гуса «Против Палеча» и «Трактат о Церкви» являются еретическими. Одно из главных обвинений против Яна Гуса заключалось в том, что он поддался влиянию учения Дж. Уиклиффа о Евхаристии. Дж. Уиклифф отверг принятое в католичестве толкование пресуществления (так называемое transsubstantiatio) и заменил его учением о том, что сущность хлеба остаётся в Евхаристии (remanentia). Если некоторые из чешских магистров действительно защищали данное мнение Дж. Уиклиффа, то Ян Гус никогда особого внимания именно этому аспекту не уделял. Выставленные против него свидетели, тем не менее, ссылались на слышанные ими когда-то проповеди. Ему также вменялось в вину то, что он разделял заблуждение Дж. Уиклиффа о невозможности совершения таинств согрешившим священником или даже папой.