Точно так же и другие обвинения, главным образом, касались «заблуждений» Виклиффа, «усвоенных или защищаемых Гусом»: учения о предопределении и о том, что истинная церковь состоит из предназначенных к спасению; учения, что духовные и светские лица, обретающиеся в смертном грехе, недостойны владения собственностью и могут быть лишены; учения, что папство не существовало в первые три века, и что церковь могла бы обойтись без видимого главы. Из обвинений, направленных лично против Яна Гуса, самым главным было то, что он не явился в Рим на вызов папы, хотя послал ходатаев. С точки зрения Яна Гуса, выставленные против него обвинения либо основывались на неверном понимании его слов, либо касались таких его мнений, от которых он не отказывался, но не признавал их еретическими заблуждениями. Собор требовал от него отречения от всех указанных в обвинительных статьях заблуждений. Ян Гус же считал себя не вправе отрекаться от заведомо ложных обвинений, т.к. этим признал бы в качестве своего мнения то, чего никогда не утверждал. Относительно статей второго разряда он выражал готовность отречься, если против текстов Священного Писания, которые он приводил в подтверждение своих идей, укажут более веские места. Дело сводилось тому, что Ян Гус просил наставления, а от него требовали безусловного и беспрекословного отречения. Допрос приближался к концу. Многие желали его пощадить, чтобы не вызвать неудовольствие со стороны обожавших его чехов. Когда все уговоры отречься оказались безуспешными, 6 июля, на 15-м заседании Собора, Яну Гусу прочли приговор осуждения на смерть. Ввиду равенства голосов епископата и представителей светской власти окончательное решение о казни Яна Гуса принял король Сигизмунд. Он был приговорён к смерти через сожжение. Как сказал Эразм Роттердамский (1469–1536 гг.), Ян Гус был «сожжён, но не побеждён». Он не обладал оригинальностью в философии и богословии: подвиг его жизни исследователи ищут не в этой области, а в сфере воли и характера. Как последователь Дж. Уиклиффа он является одним из главных предшественников Реформации. Хотя Ян Гус внутренне не порвал с католицизмом и остался верен многим католическим догматам и верованиям, он усвоил два важнейших протестантских принципа: учение Августина Блаженного о предопределении и признание Священного Писания высшим и обязательным авторитетом для папы и Соборов. Своё учение он изложил в «Трактате о Церкви», ссылаясь на авторитет Августина Блаженного, Аристотеля, Исидора Севильского, Пасхазия, Киприана Карфагенского, Бернарда Клервоского, Иеронима Стридонского, Амвросия Медиоланского, папы Римского Григория I Великого и др. Под церковью вслед за апостолом Павлом Ян Гус понимал дом Господень. Церковью именуются и священники, «принадлежащие к одной материальной церкви, потому что церковь в греческом языке есть собрание, собранное под одною властью». Церковь являет собой великое собрание всех народов под единой властью Царя Христа (Мф. 25:31–32). Ян Гус утверждал, что церковь, чьей главой является папа, а телом – кардиналы, не может быть Соборной и Апостольской.