В 1980 гг. партийное руководство Грузии проводило регулярные совещания-семинары по «улучшению антирелигиозной работы». 1 октября 1988 г. Мцхетская духовная семинария была переведена в Тбилиси; в том же году в Тбилиси состоялось торжественное открытие духовной академии, первым ректором стал епископ Цилканский Зосима (Шиошвили). Благодаря усилиям патриарха в 1992–1994 гг. была возобновлена основанная ещё в XII в., при Давиде Строителе, Гелатская духовная академия, открыты духовные училища в Ахалцихе, Батуми, Зестафони, Бодбе. В 1990 г. Грузинской патриархии была возвращена конфискованная в 1923 г. патриаршая резиденция, тогда же был ликвидирован аппарат уполномоченного по делам религии при Совете Министров Грузинской ССР, отменено обложение подоходным налогом церквей, монастырей и духовных лиц. В 1990 г. в ГПЦ насчитывалось 296 приходов и 11 монастырей. С 1990 г. ГПЦ стала вести пастырскую деятельность среди заключённых: в исправительно-трудовой колонии в Рустави был освящён первый храм, построенный заключёнными. 9 апреля 1991 г. Грузия провозгласила государственную независимость. В 1995 г. было открыто 12 новых епархий, их общее число возросло до 27. Решением Синода ГПЦ к лику святых были причислены грузинский писатель и общественный деятель Илия (Чавчавадзе), католикос-патриарх Амвросий (Хелая), архимандрит Григорий (Перадзе), праведный Алексий (Шушаниа), пострадавшие во время советской власти священномученики митрополит Назарий (Лежава), иереи Симон Мчедлидзе, Герман Джаджанидзе, Иерофей Николадзе, диакон Виссарион Кухианидзе, Гавриил Кикодзе, католикос-патриарх Кирион (Садзаглишвили). Католикосом-Патриархом Илиёй II были установлены дни празднования грузинского языка (1985 г.), Иверской иконы Божьей Матери 28 сентября 1998 г., списка чудотворной иконы из афонского Иверского монастыря, написанной на Афоне и привезённой в дар грузинскому народу. В 1997 г. ГПЦ торжественно отметила 20-ю годовщину со дня интронизации Католикоса-Патриарха всей Грузии Илии II. Указом Президента Грузии Эдуарда Шеварднадзе он был награждён высшей государственной наградой – орденом св. Давида Строителя. В первые десятилетия после провозглашения автокефалии ГПЦ сношения с поместными церквами, не признавшими статуса ГПЦ, а также с иными церквами и религиозными организациями за границей практически сошли на нет. Константинопольский патриарх Василий III (1925–1929 гг.) неоднократно обращался в Совет католикосата ГПЦ с просьбой о переводе ГПЦ на новый стиль. 5 сентября 1928 г. Временное Церковное Управление ответило согласием, однако это вызвало сопротивление паствы, и Управление было вынуждено отменить решение.