В главе «Права грузинских иноков на поселение в Иверской лавре» были рассмотрены исторические основания прав грузинской стороны на монастырь, а также приведены постановления Лондонской мирной конференции 1913 г., Лозаннского мирного договора 1923 г., Берлинского трактата 1878 г., требующие соблюдения в международном масштабе прав и свобод негреческих монастырей на Афоне. Католикос-патриарх Мелхиседек предназначил патриарший престол митрополиту Кутаисскому Науму (Шавинадзе), но ввиду его отказа местоблюстителем стал митрополит Урбнисский Давид (Девдариани). 11 января 1960 г. на специальном заседании Синода ГПЦ по предложению митрополита Давида кандидатом на патриарший престол был назван митрополит Ефрем II (Сидамонидзе), который на одиннадцатом церковном Соборе (19–20 февраля) был объявлен католикосом-патриархом всей Грузии. Его предстоятельство пришлось на период усиления антирелигиозной пропаганды, большинство епархий существовало номинально, численность духовенства, не пополняемого молодыми кадрами, уменьшалась. Несмотря на сопротивление властей, в 1963 г. католикос рукоположил во епископа Шемокмедского архимандрита Илию II (Гудушаури-Шиолашвили; впоследствии католикос-патриарх), в 1965 г. на другие кафедры – архимандрита Романа (Петриашвили), в 1972 г. – архимандрита Гайоза (Кератишвили). В 1963 г. патриарху Ефрему удалось выхлопотать разрешение открыть в Мцхете пастырские курсы им. епископа Гавриила (Кикодзе), которые возглавил самый молодой на тот момент архиерей ГПЦ епископ Шемокмедский Илия (вскоре курсы были преобразованы в Мцхетскую духовную семинарию). В 1963 г. патриарх Ефрем поднял вопрос о возвращении ГПЦ патриаршей резиденции, были учреждены высшие награды ГПЦ – ордена св. Нины и св. Георгия, изданы Новый Завет и молитвослов, иллюстрированный образами святых. В Грузии насчитывалось 44 действующие православные церкви (для сравнения: в РСФСР – 2200, на Украине – 5600, в Белоруссии – 550, в Молдавии – 269, в Эстонии – 106, в Латвии – 120, в Казахстане – 49). В октябре 1960 г. ГПЦ посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий I. В 1962 г. Католикос-Патриарх Ефрем участвовал в работе Всемирного конгресса за всеобщее разоружение и мир (Москва), в ноябре того же года он был гостем в Троице-Сергиевой лавре по случаю празднования 85-летия патриарха Алексия I. В сентябре 1963 г. патриарх Алексий I нанёс ответный визит ГПЦ. В мае 1968 г. католикос-патриарх Ефрем II принял участие в торжествах, посвящённых празднованию 50-летнего юбилея восстановления патриаршества РПЦ. 21 апреля 1970 г. присутствовал при погребении в Троице-Сергиевой лавре Патриарха Московского и всея Руси Алексия I. На поместном Соборе РПЦ 1971 г. (30 мая – 2 июня), избравшем Патриархом Московским и всея Руси Крутицкого митрополита Пимена (Извекова), патриарх Ефрем присутствовал в числе почётных гостей. Католикос-Патриарх Ефрем выступал против испытаний ядерного оружия и дискриминации народов; состоял в Республиканском и Всесоюзном комитетах мира, Обществе солидарности стран Азии и Африки, был членом президиума Грузинского комитета Обществва по охране памятников древности. После кончины Католикоса-Патриарха Ефрема в 1972 г. на одиннадцатом церковном Соборе 1 июня того же года на патриарший престол был избран митрполит Урбнисский Давид (Девдариани; 1972–1977 гг.).