В возрасте около 32 лет по состоянию здоровья Гертруда Нивельская оставила должность настоятельницы и в декабре 658 г., после совета с братией и сёстрами монастыря, назначила своей преемницей племянницу Вульфтруду. За день до смерти Гертруда Нивельская послала к настоятелю монастыря Фос св. Ультану спросить, откроет ли ей Бог час её кончины. Пророчество св. Ультана о том, что она умрёт на следующий день во время литургии, после причастия, исполнилось. Гертруда Нивельская была похоронена в церкви св. Петра, в одном из трёх существовавших тогда храмов монастыря Нивелла. Почитание Гертруду Нивельской началось сразу после её кончины. У её смертного одра и на могиле совершалось множество чудес: исцеления, воскрешение утонувшего мальчика, о котором сообщается в сочинении «Virtutes S. Gertrudis» («Добродетели св. Гертруды»), написанном около 691 г. и дополненном в VIII в. Празднование церковной памяти Гертруды Нивельской было установлено при третьей аббатисе Нивеллы Агнессе после 669 г. Около 670 г. монахом Нивельского монастыря, по мнению исследователей, знавшим Гертруду Нивельскую лично, было составлено её Житие, самый древний список которого, датируемый IX в., хранился в университетской библиотеке города Монпелье. Мощи Гертруды Нивельской, как полагают исследователи, были обретены в VIII в. Поскольку родственными узами с Гертрудой Нивельской был связан император Карл Великий (приходился ей праправнучатым племянником), её почитали покровительницей многие знатные роды, происходившие от Каролингов: графы Лувена, герцоги Брабанта, Бабенберги, Габсбурги. Во многих монастырях, основанных представителями династии Каролингов, хранились мощи Гертруды Нивельской. Начиная с X в. благодаря ирландским монахам и каролингскому влиянию почитание Гертруды Нивельской распространилось на значительной части территории Западной Европы, где насчитывается около 1 тыс. объектов её культа. Гертруду Нивельскую считают своей покровительницей города Гертрёйденберг, Бреда и Берген-оп-Зом в Северном Брабанте (современные Нидерланды). Монастырь Нивель стал центром паломничества. С XI в. Гертруда Нивельская стала почитаться как покровительница путешественников (в Нидерландах, Северной Германии, Скандинавии, Австрии), ищущих ночлега путников, паломников и хозяев гостиниц. Вдоль торговых путей, в городах Ганзейского союза, расположенных на побережье Балтийского моря, было возведено большое количество церквей, часовен, госпиталей во имя Гертруды Нивельской.