В 1797 г. заговор был раскрыт, участники арестованы, Евфимий был изгнан из Имерети и укрылся в Одиши. Однако вскоре Соломон II помиловал опального архиерея, и тот смог на средства монастыря Гелати воспитывать сыновей царевича Георгия, пользуясь прежним доверием царя. Именно по его совету Соломон II, уже имевший отрицательный опыт общения с представителями российских властей, согласился на встречу с генерал-майором Фёдором Филипповичем Симоновичем, который убедил царя встретиться с генералом Александром Петровичем Тормасовым в Тбилиси, куда за Соломоном II последовал и Евфимий как его советник. А.П. Тормасов предложил царю переехать из Грузии в Санкт-Петербург, где для него был приготовлен один из дворцов и выделено несколько тысяч рублей годового дохода. Соломон II отказался. В конце XVIII – начале XIX в., в период эпидемии чумы в Западной Грузии, Евфимий ухаживал за больными, причащал заражённых людей, отпевал и хоронил умерших. В 1811 г. была упразднена автокефалия Мцхетского (Восточногрузинского) католикосата, в 1814 г. – Абхазского католикосата. Был образован Грузинский экзархат РПЦ. Экзарх Грузии архиепископ Феофилакт (Русанов) разработал план церковной реформы, направленной на изменение административной структуры ГПЦ в целях сближения грузинских церковных порядков с общероссийскими: намечалось сокращение количества епархий, храмов, монастырей, штата духовных лиц, проведение секуляризации церковного и монастырского имущества, введение богослужения на церковнославянском языке и обложение церквей денежной податью. Духовенство Западной Грузии выразило решительный протест, однако в июне 1819 г. представители Грузино-Имеретинской синодальной конторы стали закрывать храмы в Имерети, Гурии и Мегрелии, натуральные подати заменять введением денежной оплаты. В 1819–1820 гг. произошло восстание под руководством Досифея (Церетели), Евфимия и др. Экзарх обвинил их в подстрекательстве народа и убедил светские власти, что разрядить ситуацию можно только ссылкой архиереев. Управляющий Грузией генерал Иван Александрович Вельяминов поручил проведение операции правителю Имерети полковнику И.О. Пузыревскому.