Вернувшись в Константинополь, Иоанн настоял на выдворении Севериана из города, и только Евдоксии удалось его уговорить вернуть Габальского епископа. Эта история осложнила взаимопонимание между Иоанном и Евдоксией, а Севериан стал непримиримым врагом Иоанна, объединившись с другими епископами. Реальное противостояние Иоанна Златоуста и Евдоксии началось, когда тот обличил императрицу в проповеди, якобы сравнив с нечестивой Иезавелью (ср.: 3 Цар. 21:1–16), а также распорядился захлопнуть дверь храма перед пришедшей на службу Евдоксией. Поводом послужило то, что Евдоксия отобрала у вдовы сенатора виноградник (хотя достоверность этой истории исследователями оспаривается). Росло недовольство Иоанном со стороны Александрийского епископа Феофила и его сторонников, желавших низложить святителя. Удачным поводом стало обвинение Иоанна в оригенизме в связи с принятием святителем в Константинополе монахов-беженцев с Нитрийской горы (см. Египетские мученики), изгнанных Феофилом. Выдвинув ряд обвинений, противники Иоанна с санкции императора Аркадия и Евдоксии созвали Собор «у Дуба» (по названию предместья района Халкидон), на котором Иоанн Златоуст был заочно осуждён и затем выслан из Константинополя (403 г.). Это вызвало народное неудовольствие, которое совпало с землетрясением в Константинополе и одним происшествием в покоях Евдоксии (речь может идти либо о выкидыше у Евдоксии, либо о внезапной смерти её дочери Флакиллы). Эти события напугали императрицу, и она распорядилась вернуть Иоанна Златоуста в Константинополь. Но через несколько месяцев (конец 403 г.) константинопольским префектом Симпликианом в городе на площади Питтакион была установлена статуя Евдоксии на порфирной колонне (чего не удостаивалась до неё ни одна императрица) и устроены по этому поводу всенародные празднества. В ответ Иоанн произнёс в храме проповедь, в которой намекал, что видит в происходящем проявления язычества, и сравнивал Евдоксию с Иродиадой (этот факт также у исследователей под сомнением). В результате отношения Иоанна и Евдоксии испортились окончательно, так что императорская чета даже проигнорировала Рождественскую службу 403 г., которую возглавлял святитель. Перед Пасхой (17 апреля 404 г.) ему было предписано императором Аркадием покинуть храм, однако епископ не послушался. Столкновение с войсками привело к кровопролитию в церкви, а затем храм выгорел. Антииоанновская коалиция вместе с Евдоксией ходатайствовала перед императором Аркадием о ссылке Иоанна Златоуста, и 20 июня 404 г. тот был окончательно низложен и сослан в город Кукус в провинции Малая Армения, по пути в город Питиунт (ныне Пицунда), к новому месту ссылки, он скончался (407 г.). Евдоксия умерла в преждевременных родах и была похоронена в константинопольской церкви св. Апостолов.