Книга «Преподобный Максим Исповедник и византийское богословие» является публикацией введения ко второму тому диссертации С.Л. Епифановича. Книга «Материалы к изучению...» (часть третьего тома диссертации), по отзывам современников, имела значение не только для российской, но и для зарубежной патрологической науки, в первую очередь, источниковедческого направления, как собрание и публикация на основании подробного текстологического исследования рукописей из многих (около 10) библиотек мира (для чего С.Л. Епифанович на собственные средства выписывал фотокопии рукописей) грекоязычных произведений, приписывавшихся преподобному Максиму (часто в отрывках и разночтениях), с исследованием их аутентичности, большинство из которых не вошли в «Патрологию» Жака Поля Миня. В частности, им был произведён текстологический анализ древнейших рукописей схолий на «Ареопагитики»: С.Л. Епифанович пришёл к обоснованному выводу об их лишь частичной принадлежности Максиму Исповеднику, по большей же части – Иоанну Скифопольскому (VI в.). Им были также опубликованы четыре главнейших греческих житийных источника жизни и деятельности преподобного Максима. С.Л. Епифанович представил Максима Исповедника как оригинального и многостороннего мыслителя, важное звено в святоотеческом предании церкви. Совершив целостную реконструкцию его учения, он показал в полном объёме различные стороны богословия преподобного: учение о Боге, триадологию, космологию, антропологию, психологию, учение о грехопадении и спасении, пневматологию, аскетику и эсхатологию. По словам Жана-Клода Ларше, С.Л. Епифановичу принадлежит первенство в оценке важнейшей для восточно-христианского богословия сотериологической идеи обожения как центральной и основополагающей для учения преподобного Максима. Сохранились конспекты лекций С.Л. Епифановича по патрологии I–III вв. Одна из оригинальных идей его патрологической методологии – признание в противоположность мнению Н.И. Сагарды некорректным вошедшего в практику присвоения в церковной науке титула «учитель Церкви» церковным авторам (Клименту Александрийскому, Евсевию Кесарийскому, Оригену, Тертуллиану и др.), «которые погрешали в истории и не удостоены имени св. отцов... гораздо правильнее поэтому всех, не причисленных к лику отцов, называть “писателями церковными” (ecclesiastici scriptores)». Как переводчик С.Л. Епифанович продолжил начатый в 1830 гг. протоиереем Герасимом Петровичем Павским перевод «Вопросоответов к Фалассию» преподобного Максима Исповедника, издав 25 из 65 «Вопросоответов» (1916–1917 гг.). Научные статьи С.Л. Епифановича носят, в основном, характер пространных отзывов на выходящие книги по патрологии и церковной истории. В них он проявил себя как знаток зарубежных научных изданий и учёный, склонный к детальному и скрупулёзному историческому, концептуальному и библиографическому анализу.