Василий Емельянов поддерживал Выголексинское общежительство и организовывал помощь от всей московской общины, о чём свидетельствует его письмо от 30 июля 1793 г., в котором говорится, что, несмотря на случившуюся размолвку с выговцами, москвичи «на здравие стали давать на милостыню, а на поминовение стали посылать на скиты». «Василий Емельянович Московский» был внесён в выговскую «Роспись панихидам» начала XIX в. под 19 апреля (день кончины) и 14 ноября (память на день апостола Филиппа). Василий Емельянов был автором значительного числа полемических сочинений, центральной темой которых являлся вопрос о браке (о допустимости его у беспоповцев и о форме заключения брака), по этому поводу он полемизировал как с федосеевцами и филипповцами, так и с выговскими отцами (обзор литературных трудов был сделан Павлом Любопытным, которому были известны многие не сохранившиеся до настоящего времени сочинения Василия Емельянова). По сообщению Павла Любопытного, Василий Емельянов писал послания «о назидании церкви» в Выговскую киновию, Слова к колеблющейся пастве, составил «Апологию о бытии антихриста в мире» (не сохранилась) и «Показание о положительном действии святого крещения нерукоположенных мужей» (в защиту практики крещения мирянами у беспоповцев). Существовали также и «другие его изящные творения, ограждающие Христову церковь и просвещающия ее пути веры и нравственности» (Василию Григорьевичу Дружинину сочинения Василия Емельянова были неизвестны). «Исповедание», или «Чистосердечное извещение», и пять писем Василия Емельянова были обнаружены историком и филологом Еленой Михайловной Юхименко и А.И. Мальцевым (по мнению некоторых исследователей, письмо Ф. Аникину, атрибутированное А.И. Мальцевым Василию Емельянову, ему не принадлежит). Важнейшими заслугами Василия Емельянова в истории беспоповщины были обоснование и разработка практики совершения бессвященнословных (без участия священника) браков. Для московских поморцев, значительную часть которых составляло купечество, вопросы собственности и её наследования имели большое значение, поэтому они считали необходимым положительно решить вопрос о возможности заключения браков у беспоповцев. В 1760–1770 гг. московские поморцы неоднократно обращались к выговским отцам, разъясняя свою позицию и прося одобрить «новоженческие» (заключённые старообрядцами в православных церквах) браки. В письме, посланном из Москвы на Выг осенью 1771 г., говорилось о насущной необходимости института брака для старообрядцев (Василия Емельянова нет среди подписавших письмо). В аналогичном послании 1775 г., под которым уже стояла подпись Василия Емельянова, содержалась просьба о признании «новоженческих» браков после выполнения супругами епитимии «за вход (во) внешнюю церковь». Однако выговские отцы в это время ещё твёрдо придерживались «бракоборной» позиции, считая, что из-за отсутствия священства старообрядцы лишены «церковного чинного венчания» и должны «утверждатися в девстве, понеже девство лучше есть супружности». Некоторое «послабление» относительно «новожёнов» было сделано на выговском Соборе 12 января 1777 г.: постановлением Собора им разрешалось стоять на службе «особливо в своём притворе или за завесою» и трапезовать «за особливым столом». Более лояльной позиция Выга по отношению к сторонникам брака стала в период, когда общежительством управлял Андрей Борисов (1780–1791 гг.), в чём могло проявиться как влияние Василия Емельянова, так и личные взгляды выговского киновиарха – выходца из московского купечества (другом и собеседником Андрея Борисова был ещё один защитник брака – архангелогородец Андрей Иванович Крылов; об этом сообщает Павел Любопытный в сочинении 1827 г. «Показатель Христовой церкви о форме браков в ветхой и новоблагодатной церкви»).