Предложение Евлогия о совместном управлении русскими приходами в Германии не находили понимания у Синода РПЦЗ. Под давлением немецких властей последние приходы, находившиеся в подчинении Евлогия в Германии, к 1937 г. перешли в ведение главы Германской епархии РПЦЗ Берлинского архиепископа Серафима (Ляде). В августе 1938 г. состоявшийся в Сремски-Карловци второй Всезарубежный Собор епископов, клириков и мирян, в котором участвовали представители РПЦЗ и автономного Американского митрополичьего округа, укорил Евлогия за переход в юрисдикцию Константинопольского патриархата, на что Евлогий ответил посланием митрополиту Анастасию от 3 января 1939 г., призвав к упрочению молитвенного общения и взаимной терпимости. Во время Второй мировой войны с занятием в 1940 г. Парижа немецкими войсками Евлогий воздерживался от активного участия в общественно-политической жизни русской колонии, что позволило сохранить во время оккупации не только подведомственные ему приходы, но и уберечь от закрытия Свято-Сергиевский православный богословский институт. После освобождения Парижа в ноябре 1944 г. Евлогий через советское посольство безрезультатно пытался получить приглашение для участия в Поместном Соборе 31 января – 2 февраля 1945 г. В августе 1945 г. в Париже состоялись встречи Евлогия и главы Западноевропейской епархии РПЦЗ Серафима (Лукьянова) с возглавлявшим делегацию Московской патриархии Крутицким митрополитом Николаем (Ярушевичем). 29 августа 1945 г. с Евлогия и его викариев было снято запрещение в священнослужении, они были приняты в молитвенно-каноническое общение с Московской патриархией. 7 сентября Священный Синод РПЦ постановил считать Евлогия с 75 приходами, а также архиепископа Серафима (Лукьянова) с его областью воссоединёнными с Московской патриархией. Западноевропейский экзархат русских православных приходов сохранялся в существующих границах, Евлогий становился экзархом Московской патриархии. Условием окончательного воссоединения являлось получение согласия на то Константинопольского патриарха. О получении согласия, якобы имевшем место, информировал Евлогия митрополит Николай (Ярушевич). «Владыка Митрополит Николай Крутицкий нас успокоил и заверил, что вопрос о нашем легальном освобождении от зависимости патриарха Константинопольского или уже улажен или наверняка будет улажен между двумя Патриархами как тому и быть надлежит, ибо вопрос этот превышает нашу компетенцию, как Экзархата», – писал 1 ноября 1946 г. митрополит Владимир (Богоявленский) Патриарху Московскому и всея Руси Алексию I. Последующие события показали, что это заверение митрополита Николая было лишь предположением. Воссоединение с Московской патриархией было осуществлено Евлогием без консультаций с Епархиальным советом. После издания 14 июня 1946 г. Закона о предоставлении советского гражданства желающим того русским эмигрантам Евлогий благословил служить благодарственные молебны во всех храмах епархии. Это распоряжение Евлогия было воспринято основной частью его прихожан, не приемлющих большевизма, резко отрицательно. В большинстве приходов таких молебнов не служили. Во второй половине июля 1946 г. Епархиальный совет обратился к Евлогию с особым меморандумом о том, что «внесение политики во внутрицерковную жизнь грозит епархии расколом».