Однажды, когда Евстратий Тарсийский был далеко от своего наставника, у него пошла носом кровь, ни один врач не мог остановить кровотечение, и вскоре Евстратий Тарсийский совсем лишился сил. Тогда он послал монаха к Иоанникию, а тот, провидя случившееся с учеником, сам вышел навстречу монаху и приказал передать Евстратию Тарсийскому, что вскоре тот исцелится. Когда Иоанникий произносил эти слова, у Евстратия Тарсийского прекратилось кровотечение, и уже на следующий день он отправился в близлежащий монастырь, чтобы поведать о чудесах, сотворённых Иоанникием. За некоторое время до восстановления иконопочитания Иоанникий в разговоре с Евстратием Тарсийским назвал имя будущего Константинопольского патриарха Мефодия, а затем через Евстратия Тарсийского отправил Мефодию письмо. Точное время, когда Евстратий Тарсийский стал игуменом монастыря Агавр, исследователям неизвестно. В Житии Иоанникия в версии Саввы говорится, что однажды настоятель монастыря Григорий сообщил Иоанникию, что хочет отправиться по некоему делу в Константинополь. Иоанникий ответил ему, что это невозможно, поскольку время его земной жизни истекло. Григорий скончался через 11 дней после пророчества. Савва не сообщает года смерти Григория, самое близкое временное указание содержится в главе 29 – пятый год правления императоров Михаила II и Феофила (т.е. 825 г.). Исследователям известно также, что после Григория игуменом на небольшой срок стал Евстафий, и только после него – Евстратий Тарсийский. В какой-то период в правление императора Феофила иконоборцы, воспользовавшись временным отсутствием Евстратия Тарсийского, поставили игуменом иконоборца Антония (по мнению М. Каннингем, это – единственный пример назначения иконоборческого игумена при Феофиле). Будучи настоятелем монастыря, Евстратий Тарсийский из милосердия расходовал деньги, дарованные ему императрицей Феодорой, не только на монастырь, но и на неимущих жителей окрестных деревень. Евстратий Тарсийский был более терпим, чем остальные насельники Вифинского Олимпа: он принял покаяние вступивших в кровосмесительную связь матери и сына, спас осуждённого по ложному обвинению в манихействе (т.е. в ереси павликиан, подвергшихся гонениям после 843 г., при Феодоре и Михаиле III) и т.п. В числе чудес, совершённых Евстратием Тарсийским, – исцеление глухонемого ребёнка, воскрешение младенца и ребёнка, пострадавшего во время игры со сверстниками, спасение одного из метохов монастыря от пожара и многое другое.