Стефан также обратился в православие. Хорошие отношения между Дамианом и Антиохийским патриархом Петром продолжались недолго. Около 586 г. некие тритеиты представили свои возражения против догмата о Святой Троице. Дамиан составил против них трактат и направил его патриарху Петру. Тот был не согласен с отдельными его положениями, усмотрев в них противоречия с учением отцов церкви. Об этом он в самых мягких выражениях сообщил Дамиану и просил его ответить, в каком смысле тот употребил некоторые термины. Исследователям неизвестно, ответил ли Дамиан на это письмо. Попытки патриарха Петра объясниться на Соборе также потерпели неудачу: Дамиан не прибыл на Собор. Даже приехав в Египет, Пётр не смог встретиться с Дамианом, поскольку тот, переезжая из монастыря в монастырь, избегал встречи с ним. Не имея возможности объясниться с Дамианом, патриарх Пётр в пространном трактате критиковал отдельные положения из сочинения Дамиана. Так, патриарх Пётр писал, что, по Дамиану, свойства Ипостасей (нерождённость, рождённость, исхождение) сами являются ипостасями, что общая природа Святой Троицы (отличная от Ипостасей) и есть на самом деле Бог. Ипостаси (или Лица Троицы) Дамиан признавал Богом лишь в метафорическом смысле или по причастности. Таким образом, Ипостаси (Отец, Сын, Святой Дух) не имеют действительного существования, являясь названиями или обозначениями, которые следует принимать лишь «в созерцании». Тогда основной тезис Дамиана – это тезис о единстве сущности, и потому Троица «допускает число в Лицах, однако в единой и одной и той же сущности, которая и является Троицей, она существует вне всякого числа». Следовательно, сущность и является неделимым божеством. Таким образом, Дамиан стремился избежать свойственного тритеитам наделения каждой Ипостаси отдельным существованием. Ознакомившись с этим сочинением патриарха Петра, Дамиан обвинил его в тритеизме, а Пётр Дамиана – в савеллианстве. Этот новый раскол Александрийской и Антиохийской монофизитских церквей был преодолён только в 617 г., после смерти патриархов Дамиана и Петра. Во время патриаршества Дамиана монофизиты владели в Александрии церквами Космы и Дамиана и так называемым Ангелионом, отчего египетских монофизитов называли дамианитами или ангелитами. Императоры Тиверий и Маврикий больше не преследовали монофизитов, а православные патриархи Александрии (Иоанн Милостивый и Евлогий) были склонны к диалогу с ними. Это дало Дамиану возможность время от времени появляться в Александрии (в 580, 581, 587 и 602–603 гг., в последнем случае Евлогий просил императора принять меры против Дамиана и изгнать его), где он пользовался поддержкой значительной части верующих, а также многочисленных монахов примерно 600 монастырей, расположенных в окрестностях города. В Скиту Дамиан был вынужден принять меры против секты мелетиан, практиковавших странный обычай: несколько раз за ночь они пили вино, используемое во время причастия, а наутро причащались Святых Таин. Против них он составил особое сочинение.\