Позднее сложились следующие типы духовных учебных заведений: богословские университеты и академии, теологические факультеты при светских университетах, семинарии, колледжи, коллегиумы. В католическом Риме были основаны Грегорианский (XVI в.), Урбанианский (XVII в.) и другие университеты, папская академия паук (1603 г.), церковная академия (1701 г.). В XVI в. создаются духовные учебные заведения протестантских церквей – богословские университеты, теологические факультеты при светских вузах, духовные академии и семинарии, колледжи и пастырские школы. Первые упоминания о духовных учебных заведениях мусульманства (медресе) относятся к IX в. Система образования в медресе в течение многих веков включала как теологические, языковые и религиозно-юридические предметы, так и философию, прикладные науки, но затем она приобрела строго профессиональную направленность. Исключение составляли отдельные мусульманские университеты. В России духовные учебные заведения ведут начало с 1030 г., когда по указу Ярослава Мудрого при епископской кафедре в Новгороде было основано училище православных священников. Однако в последующие столетия духовные учебные заведения не получили развития. Подготовка клириков православной церкви осуществлялась в немногих братских школах при монастырях, отдельных школах при архиерейских домах. Единственной богословской школой была Киевская духовная академия (основана в 1632 г.). В конце XVII в. в Москве основана монастырская школа, а затем на её базе – Славяно-греко-латинская академия. Развитию духовного образования способствовал изданный Петром I «Регламент Духовной коллегии» (1721 г.), который обязал епископов «иметь в своих домах школы для приготовления священников». Эти духовные учебные заведения получили название архиерейских школ. Во второй четверти XVIII в. архиерейские школы с восьмилетней программой обучения стали называться семинариями (17 в 1740 г.). Одна из первых семинарий была основана Феофаном Прокоповичем в Петербурге (1725 г.), затем семинарии открылись в Москве, Новгороде, Ростове, Чернигове и Тобольске. К началу XIX в. в России было 37 семинарий и 76 низших архиерейских школ. С конца XVIII в. подготовка служителей культа осуществлялась в Петербургской и Казанской духовных академиях (обе основаны в 1797 г.), в 1809 г. они получили статут высшего духовного учебного заведения. С 1814 г. стала действовать Московская духовная академия, реорганизованная из Славяно-греко-латинской академии. В 1913 г. функционировало четыре академии (около 1 тыс. студентов), 57 духовных семинарий (22 тыс. учащихся), 186 духовных училищ (24 тыс. учащихся), а также 85 женских духовных учебных заведений. Кроме того, в России существовали римско-католическая академия, католические коллегии и семинарии, протестантский богословский факультет Юрьевского университета, мусульманские учебные заведения в Казани, Уфе, Оренбурге, Ташкенте, Бухаре и др. В отличие от других стран, духовное образование осуществлялось в России только в духовных учебных заведениях; богословских (теологических) факультетов в составе русских университетов не было (богословие и церковная история изучались на всех факультетах университетов наряду с другими обязательными учебными дисциплинами).