В конце XIX – начале XX вв. общая длина пещерных ходов в Шатрище составляла более 600 м, а пещерный храм, отделанный для богослужений и укреплённый изнутри, приобрёл первоначальную планировку. Церковь во имя Иоанна Богослова представляла собой сильно вытянутое к югу помещение под крестовым сводом, которое, как полагают исследователи, переходило в трапезную. Освещалась церковь через маленькие окна, из которых открывался вид на Дон. Коротоякское подворье с 1828 г. занимало усадьбу бывшего Вознесенского монастыря. К нему относились каменная церковь Вознесения Господня с приделом Казанской иконы Божьей Матери, колокольня, каменный корпус. В годы Великой Отечественной войны постройки были почти полностью уничтожены. К северу от Дивногорского монастыря, в окрестностях села Селявного, являвшегося в XVIII в. слободой Дивногорского монастыря, находился комплекс пещер. Вход в пещеры – едва приметное отверстие в круглых скальных выступах на высоте 50 м над рекой. С 1851 г. здесь селились местные крестьяне-пещерокопатели. В 1856 г. по настоянию иноков Дивногорского монастыря местные власти запретили продолжение пещерокопательства. В 1858 г. сооружённый пещерный комплекс был принят под надзор монастыря с зачислением крестьян-пещерокопателей в состав братии. Подземные сооружения близ села Селявного в плане представляют собой веерное полукружие от входа до противоположного конца, в середине которого находится храмовая часть. От неё в сторону отходят длинные пещеры-ходы. Братское кладбище располагалось выше монастыря, близ пещерной церкви Иоанна Предтечи. Могилы первых насельников Дивных гор, в том числе легендарных иеромонахов Ксенофонта и Иоасафа, находились справа от входа в церковь, могилы преемников основателей монастыря иеромонахов Макария, Серафима, архимандрита Николая – ниже, по краям бывшей Успенской церкви. При входе в монастырскую трапезу были захоронены некий епископ Павел и «сотрудник его Василий». В начале XX в. эти могилы оказались под соборной Успенской церковью. По преданию, когда в начале 1850 гг. копали ров для устройства Митрофаниева придела Успенского храма, было обнаружено нетленное тело епископа. Игумен Меркурий сообщил об этом Воронежскому архиепископу Антонию (Смирницкому). Распоряжением архиепископа Антония гроб с телом епископа Павла был закрыт, и над ним устроен склеп. Могила настоятеля Дивногорского монастыря игумена Меркурия (в схиме Марсалий) находилась в пещерной церкви слева от входа. В Дивах похоронены также миряне – благотворители монастыря. В 2001 г., при проведении строительных работ, братия монастыря обнаружила многочисленные останки, которые по совершении литии были погребены рядом с Успенским храмом; начата подготовка к восстановлению братского кладбища. В 1924 г. Дивногорский монастырь был закрыт, братия покинула обитель, в помещениях разместили дом отдыха, затем санаторий. Иконы были сожжены, утварь разворована, библиотека с архивом утоплены в Тихой Сосне.