До конца жизни работал над «Историей прусской политики»; довёл своё исследование до 1756 г. Хотя этот труд был основан на тщательной работе с новым документальным материалом прусских архивов, он не получил того же научного признания, что и «История эллинизма». В 1851 г. Иоганн Густав Дройзен переехал в Йену; в 1859 г. вернулся в Берлин. Несмотря на увлечение сюжетами Новой истории, регулярно читал лекции по античности. В последние годы написал несколько небольших работ по древней истории, в том числе по античной нумизматике. Иоганн Густав Дройзен одним из первых обратился к исследованию сложного исторического периода – от правления Александра Македонского до завоевания Римом Восточного Средиземноморья, определив его как эллинистический (этот термин впоследствии был принят остальными историками). Традиционно время после Александра Македонского оценивалось, прежде всего, как эпоха упадка и деградации классической греческой культуры, а событийная сторона представлялась как некое нагромождение малосвязанных между собой фактов. Иоганн Густав Дройзен смог разобраться в этом калейдоскопе событий и увидеть логику происходивших процессов. Его «История эллинизма» оказала огромное воздействие на развитие историографии. Эпоха эллинизма интересовала Иоганна Густава Дройзена и как важный период, создавший предпосылки для возникновения христианства, что было, по его мнению, поворотным пунктом человеческой истории. Ещё в докторской диссертации он высказал мнение, что греческая религия ближе стояла к христианству, чем иудейская. Иоганна Густава Дройзена интересовала культура, возникшая после Александра Македонского, в рамках которой происходил процесс взаимного смешения и проникновения религиозных форм (теокрасия) греческого и восточного миров. Главной характерной чертой культуры эллинизма, по его мнению, и было это взаимное влияние различных древних традиций, что в итоге привело к возникновению христианства. Давно отмечено, что возникновение термина «эллинизм» было связано с неправильным пониманием филологами XIX в. слова «эллинисты», употреблённого в Новом Завете (Деян. 6:1). «Эллинистами» считали людей, говоривших на некоем новом языке, созданном на основе греческого и еврейского языков. Для Иоганна Густава Дройзена основным значимым моментом стал принцип смешения греческого элемента с элементами любого восточного народа, причём это смешение касалось не только языковой сферы, но и любых аспектов культуры. Особый интерес Иоганна Густава Дройзена к этой эпохе был связан также с его политическими взглядами на процессы, происходившие в XIX в. в Германии. Он считал прогрессивным явлением объединение многочисленных и слабых полисов Греции под властью македонских монархов с целью осуществления завоевания восточных территорий, писал, что историк должен понять «дух времени» и, исходя из его сути, оценивать события и действия исторических личностей.