Крупное сочинение «История Иерусалимских патриархов» ставит Досифея II Нотару в ряд виднейших церковных историков. Сочинение представляет собой не столько историю Иерусалимской церкви от апостола Иакова до времени автора, сколько историю всей православной церкви в контексте полемики, направленной, прежде всего, против католиков и армяно-григориан. В «Истории…» содержатся многочисленные богословские отступления, привлекаются сведения политической истории, церковной географии. Главным богословским содержанием сочинения является полемика, которую Досифей II Нотара ведёт с защитниками папства, демонстрируя хорошее знание католического богословия, истории Западной церкви, цитирует Фому Аквинского, Александра Гэльского, кардиналов Цезаря Барония, Каэтана (Фома де Вио), Роберта Беллармина. Автор использовал комментированный перевод на греческий язык сочинения Бартоломео Платины (1421–1481 гг.) «Книга о жизни Христа и всех понтификов», выполненный в 1687 г. критским иеромонахом Иеремией Какавелой по поручению валашского господаря Константина Брынковяну. Согласно титульному листу, «История...» была издана после смерти Досифея II Нотары Иерусалимским патриархом Хрисанфом в 1715 г. в Бухаресте, но на самом деле – в 1723 г., как это видно исследователям из переписки между патриархом Хрисанфом и Митрофаном Григорой, которому было поручено издание. Публикации предпосланы написанные патриархом Хрисанфом два больших вступления, обращённые к иерархам и чадам всей православной церкви, а также краткое «Житие» Досифея II Нотары. Исследователи отмечают, что издание 1723 г., воспроизведённое в 1982–1983 гг., не тождественно оригиналу: оно содержит как языковую, так и структурную правку текста, включая изъятия многочисленных мест, которые показались патриарху Хрисанфу проблематичными. В 1891 г. Афанасий Иванович Пападопуло-Керамевс (1856–1912 гг.) издал наиболее важные и интересные из неизданных глав по одному из четырёх сохранившихся списков «Истории...», включая полностью опущенную Хрисанфом 13-ю книгу (в РГБ хранится рукопись XIX в., содержащая перевод на русский язык первой книги «Истории...»). Объёмный канонический сборник представляет собой «Собрание законов» (не издано), большую часть которого составляют 850 документов Константинопольских патриархов с 1538 г. (составление сборника было завершено Досифеем II Нотарой в 1680 г.). Его основным источником был канонический сборник Константинопольского патриархата. Похожий рукописный сборник, большей частью написанный самим Досифеем II Нотарой и состоящий из 161 документа и канонических текстов византийского и поствизантийского времени (среди них – документы, относящиеся ко времени патриаршества Досифея II Нотары), хранится в Иерусалимской патриаршей библиотеке. Итогом полемики с Кариофилом явилось сочинение «Меч на Иоанна Кариофила» (впервые издано в 1694 г.). Против католического учения об исхождении Святого Духа направлено сочинение «Главы против латинян» (не издано). Письма, грамоты, проповеди опубликованы как в составе сборников, так и в виде отдельных изданий (многие остаются неопубликованными). Лит.: Горский А.В., протоиерей. О соборе Иерусалимском 1672 г. // ПрТСО. 1871. Ч. 24; Каптерев Н.Ф. Характер отношений России к православному Востоку в XVI и XVII ст. М., 1885; он же. Сношения Иерусалимского патриарха Досифея с русским правительством: (1669–1707). М., 1891; он же. Господство греков в Иерусалимском патриархате с первой половине XVI до половины XVIII в. Сергиев Посад, 1897; Фонкич Б.Л. Иерусалимский патриарх Досифей и его рукописи в Москве // ВВ. 1968. Т. 29; Он же. Греческие рукописи и документы в России в XIV – начале XVIII в. М., 2003; он же. Попытка создания греческой типографии в Москве в конце XVII в. // Россия и христианский Восток. М., 2004. Вып. 2/3; Бернацкий М.М. Константинопольский Собор 1691 г. и его рецепция в Русской Православной Церкви: К вопросу о каноническом статусе термина «пресуществление» // БТ. 2007. Сб. 41.