Антонин был избран его почётным председателем, однако фактическое руководство «Собором» осуществляли А.И. Введенский и В.Д. Красницкий. 8 мая Антонин вошёл в состав избранного «Собором» Высшего церковного совета (ВЦС) в качестве его председателя. Но уже 24 июня в результате резкого конфликта с членами ВЦС, прежде всего, с В.Д. Красницким, был освобождён от всех занимаемых постов и уволен на покой. Этому предшествовала публикация в «Известиях» 17 мая 1923 г. статьи Антонина «Азбука церковной реформы», которая стала программным документом СЦВ. 29 июня 1923 г. начался период самостоятельного существования СЦВ, насчитывавшего несколько сот последователей, под руководством Антонина. Центром «Союза» стал собор Заиконоспасского монастыря в Москве, сторонники СЦВ имелись также в Петрограде, Харьковской и Владимирской епархиях. Особенностью данной группы было проведение радикальной литургической реформы. Помимо того что (как и другие обновленцы) Антонин в богослужебной жизни перешёл на русский язык и григорианский календарь, перенёс престол из алтаря на середину храма, литургию стал совершать по особо им составленному и изданному чину, «рецензированному по чинам древних литургий». Будучи сторонником разнообразия литургической жизни церкви, активно импровизировал в этой сфере, например, вводил в состав богослужебных последований стихи современных поэтов. С 26 октября 1923 г. Антонин вновь стал именовать себя епископом, отказавшись от титула «митрополит». Последнее было связано с отказом СЦВ от любых званий, кроме трёх иерархических степеней – епископа, пресвитера и диакона. 15 апреля 1924 г. патриарх Тихон повторно издал указ о запрещении в священнослужении и предании церковному суду Антонина и бывшего архиепископа Евдокима (Мещерского), который был председателем обновленческого Синода. 30 июня – 4 июля 1924 г. в Москве прошёл «Первый съезд, или собор» СЦВ, оказавшийся также последним, в нём приняло участие 120 человек, т.е. практически весь актив СЦВ. Порвав с другими вождями обновленчества, Антонин продолжал занимать непримиримую позицию по отношению к патриарху Тихону, что отразилось в выступлениях Антонина на страницах советской печати в 1923–1925 гг., а также в материалах «Первого съезда, или собора» СЦВ. В июне 1925 г. Антонин обратился в печати к Местоблюстителю Патриаршего Престола митрополиту Петру (Полянскому) с призывом признать советскую власть. В течение 1925 г. с лекциями и публичными диспутами Антонин выступал во многих городах России. Существуют свидетельства, что в мае 1926 г. тяжелобольного Антонина посетил священнослужитель РПЦ с предложением раскаяться в грехе раскола и вернуться в лоно церкви, на которое Антонин ответил отказом. Антонин скончался в Солдатёнковской больнице в Москве, погребён 16 января 1927 г. близ алтарной апсиды Смоленского собора Новодевичьего монастыря в Москве. Арест в ноябре 1928 г. преемника Антонина «епископа» Василия (Лебедева) привёл к прекращению деятельности СЦВ.