С 1924 г. общину возглавлял протоиерей Георгий Карибов, родом с Кавказа (ум. в 1939 г.; погребён на Русском кладбище в Пирее). После его смерти настоятелем стал архимандрит Николай (Пекаторос), из одесских греков. Одновременно большую роль в жизни церкви играл Павел Крахмалев, настоятель храма в Пирее и благочинный русских храмов в Греции. С 1952 по 1966 гг. приход окормлял архимандрит Илия (Апостолиди), родом из Феодосии, выпускник Таврической духовной семинарии и Чугуевского военного училища, участник Первой мировой войны и Белого движения. Он был рукоположён во священника в Советской России в 1922 г. Преследуемый властями как духовное лицо (был четырежды арестован), Илия в 1927 г. получил по ходатайству греческого посла в СССР разрешение репатриироваться; до настоятельства служил капелланом в греческой армии. Приняв незадолго до кончины монашество с именем Анатолий, настоятель был хиротонисан во епископа Монреальского и Канадского (РПЦЗ). В 1955 г. во время работ в восточном углу храма было обнаружено кладбище с костницей. Из древних хроник было известно о существовании здесь захоронений киевских горожан и монахов, захваченных в плен татарами и проданных на невольничьем рынке в Константинополе. Обнаруженные останки были бережно перенесены в крипту церкви. В начале 1950 гг. стараниями русской общины в квартале Аргируполи на восточной окраине Афин был отстроен дом для престарелых эмигрантов из России. При нём была собрана библиотека, в фонды которой включено книжное собрание прекратившего в конце 1970 гг. своё существование «Союза русских эмигрантов Македонии-Фракии». В саду богадельни в 1962 г. была освящена выстроенная в русском стиле небольшая одноглавая церковь во имя Серафима Саровского (ул. Электрополеу, 45), где службы идут на церковнославянском языке. В строительстве щедрую помощь оказали великая княгиня Елена Владимировна и её супруг Николай Георгиевич, сын королевы Ольги. В 1966 г. настоятелем церкви Пресвятой Троицы стал архимандрит Тимофей (Саккас), грек из России, сыгравший важную роль в поддержании русской церковной жизни в Элладе. Помимо окормления русского храма и богадельни Тимофей был игуменом монастыря Святого Духа Утешителя (Параклиту) в местности Оропос-Аттикис и окормлял Русское кладбище в Пирее. Он выпускал массовую литературу для душеполезного чтения, распространяемую бесплатно в Греции и России. Троицкий храм в Афинах – единственная в Греции (не считая Афона) русскоязычная православная община. Ради её дальнейшего сохранения и привлечения в приход членов многочисленных русско-греческих семей решено вести часть богослужений и на греческом языке.