В лесах между Ножаном и Труа он построил хижину, вокруг которой выросли шалаши учеников. Тут же был воздвигнут храм, который Абеляр, в духе провозглашенного им учения о Св. Троице, посвятил Духу-Утешителю (Параклету). В то время уже несколько лет раздавалась страстная проповедь св. Бернарда Клервоского, и вырастали основываемые им монастыри. Большинство шло за восторженным мистиком, проповедником смиренной любовной покорности непостижимому Богу и беззаветного послушания Его церкви на земле и было враждебно гордому, пытливому духу Абеляра. Его сочинение «Познай самого себя» в связи со слухами о вольной жизни ученой колонии дало повод к новым обвинениям против Абеляра. Он покинул Параклет. Монахи обители Сен-Жильда в Бретани избрали его своим аббатом. Дикая страна, непонятный ему язык, распущенные монахи, надеявшиеся найти в нем снисходительного аббата и встретив вместо того строгого начальника, стали вести против него непрерывную войну. Все это вскоре привело Абеляра в отчаяние. В тяжелом настроении он написал личные воспоминания, озаглавленные «История моих бедствий». Вместе с аналогичным по содержанию «Письмом к другу», оно распространилось среди его почитателей и дошло до Элоизы. Чтимая сестрами, настоятельница Аржантея по-прежнему терзалась страстной любовью к супругу. Ее письмо к Абеляру полно жалоб и признаний, не передаваемых в их откровенной страстности. Но любовь умерла в искалеченном теле и ожесточенной душе Абеляра. К прежней подруге у него сохранилось только дружеское чувство. Он тщательно разрешает в письмах ее нравственные затруднения, ее богословские и практические вопросы. Когда преследования аббата Сен-Дени лишили приюта сестер Аржантея, Абеляр предоставил им Параклет, сам посещал новую обитель, наставляя сестер, привлекая своей проповедью богатых благотворителей. Между тем отношения его с монахами Сен-Жильда до крайности обострились: они вливали ему яд в Св. Дары и подстерегали его в темноте с целью убить. Абеляр покинул негостеприимную обитель и еще раз появился на профессорской кафедре. В 1136 г. он открыл школу в Париже, на горе Св. Женевьевы. В новых теологических трактатах Абеляр старался смягчить и выяснить то, что вызвало обвинение его в ереси. Столпы церкви нашли в них новые, худшие заблуждения. Носителем обвинений на этот раз явился сам св. Бернард Клервоский. Важнейшие из сочинений Абеляра – «О единстве и Троице» и др. – посвящены догматике. «Да и нет», комментарии к «Посланию к римлянам» и «Диалог между философом, иудеем и христианином» – вопросу об отношении между верой и разумом, откровением и наукой; «Познай самого себя» – вопросам этики: греху и благодати, ответственности человека, покаянию и прощению. Примыкая к блаженному Августину, Абеляр определил троичного Бога как единое высшее совершенство в трех проявлениях. Теологическому тезису «верю, чтобы понимать» он противопоставил тезис «понимаю, чтобы верить». Абеляр писал, что Божественная Сущность в своем могуществе есть Отец, в своей мудрости Сын-Слово, в своей любовной благости – Дух Святой. Как в совершеннейшем благе, в Боге все гармонично: Он может то, что знает и хочет, хочет то, что знает и может. В этом смысле Его могущество ограничено святостью Его желаний и мудростью: Бог не может делать зла, и из всех возможностей для Него в каждый момент открыта лишь наилучшая.