В большинстве греческих рукописных календарей память Афиногена отмечается 16 июля: в Минологии Василия II, Стишных синаксарях Христофора Митилинского XI в. и Феодора Продрома начала XII в. Под этой датой она внесена также в печатные греческие Минеи (Венеция, 1591 г.). Наиболее раннее свидетельство почитания Афиногена на Руси – упоминание святого в рукописях конца XI – начала XII вв. под 17 июля в месяцеслове Мстиславова Евангелия и в последовании с каноном Иосифа Песнописца под 16 июля в служебной Минее (Российский государственный архив древних актов). В первой половине XII в. на Руси был осуществлён перевод краткого Жития Афиногена, включённый под 17 июля в нестишной Пролог (древнейшие списки первой половины XIV в. – Российский государственный архив древних актов). В первой половине XIV в. Житие было вновь переведено южными славянами в составе Стишного Пролога. Пространное Житие переведено на славянский язык не позднее XII в., один из старших русских списков в Волоколамской Минее XV в. (Российская государственная библиотека). В Великих Минеях Четьих помещены пространное Житие и два проложных Жития. Частицы мощей Афиногена находятся в новгородском воздвизальном кресте второй половины XII – первой четверти XIII вв. (новгородского происхождения), который поступил в музеи Московского Кремля из Вознесенского женского монастыря. В иерусалимском Канонаре VII в., отражающем практику древнего иерусалимского богослужения, память Афиногена отнесена к большим праздникам и служит границей между двумя группами недель после Пятидесятницы: семь недель от Пятидесятницы до памяти Афиногена и семь недель от памяти Афиногена до обновления храма Воскресения Христова в Иерусалиме. Ранние редакции Иерусалимского устава указывают совершать 16 июля службы с «Аллилуия» двух святых – Афиноген и Петра Критского. Типикон 1610 г., а также Типикон, используемый ныне в РПЦ, устанавливают 16 июля службы без знака (см. Знаки праздников месяцеслова), но в случае совпадения памяти Афиногена с воскресным днём поётся последование святых отцов шести Вселенских соборов, а последование Афиногену поётся на повечерии. Последование Афиногену, помещённое в современных печатных гречских и русских Минеях и состоящее из стихир на «Господи, воззвах», седальна и канона четвёртого плагального, т.е. восьмого, гласа, известно исследователям по рукописным памятникам как студийской (например, Российская национальная библиотека, XII в.), так и иерусалимской (например, Российская национальная библиотека, XIV в.) традиций. В кодексах канон атрибутируется песнописцу Иосифу, имя которого вписано в тропари девятой песни, и имеет акростих « Славу Твоих страдальцев, Христе, пою». В русской печатной Минее, кроме того, содержится кондак Афиногену четвёртого гласа, отсутствующий в греческой Минее. По греческим рукописям византийского периода известны ещё четыре канона Афиногену, не вошедшие в печатные богослужебные книги: анонимный, первого гласа с акростихом «Афиногена песньми увенчаю со рвением»; четвёртого гласа c акростихом «Афиногена цветами увенчаю слов» гимнографа Георгия, имя которого вписано в богородичны; четвёртого плагального, т.е. восьмого, гласа с акростихом «Афиногену гимн» гимнографа Феофана; анонимный без акростиха второго плагального, т.е. шестого, гласа.