Ацкурский архиепископ Арсений, представитель самцхийского рода Джакели, активно вмешивался в борьбу между царём Багратом IV и могущественным феодалом середины XI в. Липаритом Багваши. Хотя в грузинской хронике «Матиане Картлиса» его имя не названо, и говорится только о мацкверели, который сначала вывел «месхов, на средства Баграта, для оказания помощи царю», а потом бежал «от царя Баграта и вошёл в сговор с Липаритом», идентификация мацкверели с епископом Арсением основана на упоминании его имени в колофоне рукописи №28 Кутаисского исторического музея, заказанной Липаритом Багваши. По сообщению царевича Вахушти Багратиони, в 1228 г. грузинская царица Русудан отдала Ацкури в качестве приданого своей дочери Тамаре, которая вышла замуж за султана Гиасед-Дина, но уже в 1272 г. грузинские придворные Саргис и его сын Бека владели Ацкури, получив его от монгольского ильхана Абага. Во времена правления атабагов Иване II (1391–1444 гг.), Кваркваре (1451–1498 гг.) и Мзечабука (1500–1515 гг.) самцхийские архиереи старались вывести церковь Самцхе-Саатабаго из юрисдикции Мцхетского католикосата. Церковному сепаратизму во многом способствовали Иерусалимские и Антиохийские патриархи, в результате мусульманских притеснений вынужденные с целью сбора податей путешествовать по христианским странам Востока, в том числе по Грузии. Со времени атабага Мзечабука сохранилась двуязычная арабско-грузинская грамота Антиохийского патриарха Дорофея, в которой мацкверели разрешалось самому рукополагать епископов. Мацкверели стал именоваться главой архиереев, как назван, например, епископ Серапион в надписи 1577 г. на колокольне монастыря Зарзма. Благодаря энергичным действиям Мцхетских католикосов, особенно Давида III (Гобелисдзе) сепаратистские попытки архиереев Самцхе-Саатабаго закончились провалом. В целях пресечения церковного партикуляризма с XV в. появились так называемые грамоты верности, где архиереи и наиболее сановные иереи разных епархий клялись Мцхетскому католикосу в верности (см., например, грамоты архиереев Кумурдо, Манглис-Тифлиси, Тбети, Алаверди, Никози, Рустави, Руиси и др., а также настоятелей монастырей Вардзиа и Джвари, анчийского архимандрита и др.). Сохранились три грамоты мацкверели: епископа Николая (1346–1360 гг.) католикосу Иоанну (католикос с таким именем в этот период исследователям неизвестен, поэтому дата грамоты и время пребывания на кафедре епископа Николая определяются годами царствования Давида IX), епископа Герасима католикосу Михаилу VI и епископа Серапиона католикосу Феодору III. Во время пребывания турок-сельджуков в Южной Грузии (с конца XVI в.) Ацкурская епархия сильно пострадала от разрушений, кафедральный собор превратился в руины. В конце XVII в. епархия была упразднена. По описанию царевича Вахушти, «(в Ацкури) сидел митрополит..., но в настоящее время (церковь) пустует, а в крепости стоят янычары».