В восьмой год правления (597–596 гг. до н.э.) Навуходоносор II отправился в военный поход на Каркемиш. В девятый год (596–595 гг. до н.э.) – хроники сообщают об укреплении восточных границ империи, как полагают исследователи, против Элама. В десятый год правления (595–594 гг. до н.э.) упоминается восстание в Вавилонии. Оно было подавлено: в том же году вавилонская армия снова появляется в Сирии. Хроники заканчиваются описанием ещё одного военного похода в Сирию в одиннадцатый год правления (594–593 гг. до н.э.). Период с 594 по 562 гг. до н.э. правления Навуходоносора II не отражён в хрониках, поэтому представить последовательность событий исследователи могут лишь отчасти. События второго разрушения Иерусалима не отражены в клинописных источниках. Согласно Ветхому Завету (4 Цар. 24:20; ср.: 2 Пар. 36:11–17; Иер. 52:1–23), война началась как следствие восстания Седекии. В 588 г. до н.э. город был осаждён; летом 586 г. до н.э. он пал, был разграблен, а население депортировано. Наряду с другими иудейскими городами был разрушен и Лахиш. Из упоминания о пребывании правителя Арпада в Сиппаре в 586 г. до н.э. исследователи делают вывод, что он сопровождал депортированных из Иудеи в Вавилонию. Убийство поставленного вавилонянами правителя Годолии (4 Цар. 25:22–26; Иер. 40:13–16; 41:1–3, 11–15) повлекло за собой повторную депортацию из Иудеи (Иер. 52:30). Исследователи полагают, что тогда же были покорены Аммон и Моав. О тринадцатилетней осаде Тира Навуходоносором II сообщает Иосиф Флавий со ссылкой на Менандра Эфесского. Исследователи полагают, что на это же есть намёк в тексте «Книги пророка Иезекииля» (29:17–18). Самая ранняя дата, к которой исследователи могут отнести это событие – 573–564 гг. до н.э., время правления Ваала (Баала) II Тирского. Некоторые тексты свидетельствуют о существовании в 574–564 гг. до н.э. также названного Тир места в районе Урука, в котором были поселены депортированные из Тира жители. В двух документах, один датирован просто правлением Навуходоносора II, другой – 563 г. до н.э., упоминается отправка солдат в место, названное Тир. Скорее всего, как полагают исследователи, имеется в виду город, расположенный в Финикии. Исследователи отмечают, что вторжение Навуходоносора II в Египет, подразумеваемое в «Книге пророка Иеремии» (43:8–13), до сих пор не подтверждено другими источниками. Несколько документов говорит о подготовках Навуходоносора II к войне с Яхмосом II (примерно 570–526 гг. до н.э.) в 568 г. до н.э., но остаётся открытым вопрос, где состоялась эта битва. Историк Геродот называет вавилонского царя Лабинета посредником в примирении между Лидией и Мидией в 585 г. до н.э. Для исследователей остаётся неясным, имел ли в виду греческий историк Навуходоносора II или принца Набонида (Лабинетом Геродот называл также и последнего царя Вавилонии Набонида). Важным источником сведений о царствовании Навуходоносора II является так называемый Дворовый календарь. Упоминаемому в нём Набу-зер-иддину, главному пекарю, как полагают исследователи, соответствует Навузардан – «начальник телохранителей» из «Четвёртой книги Царств» (25:8–20) и Иер. 39:9–14.