В то же время в его правление началась гражданская война, спровоцированная фарисеями. К моменту смерти Александра Янная в 76 г. до н.э. внутреннее согласие в стране было достигнуто. После смерти Александра Янная царство впервые в истории возглавила женщина (за исключением узурпации Гофолии) – до 67 г. до н.э. им правила Саломея Александра (Шломцион). Её сын Иоанн Гиркан II стал первосвященником. Саломея Александра завершила войну в Иордании, а сына Аристобула отправила на завоевание Дамаска. При этом с помощью дипломатии ей удалось избежать вторжения армянских войск под командованием Тиграна II. В последние годы жизни Саломеи Александры распря между её сыновьями привела к междоусобице и гражданской войне между сторонниками Иоанна Гиркана и Аристобула. Ситуацией воспользовались римляне, которые к этому моменту разгромили остатки Селевкидской империи, и войска которых стояли в Дамаске. Обе стороны пытались привлечь римлян в качестве союзников. Полководец Гней Помпей вмешался в распрю на стороне Иоанна Гиркана, его войска в 63 г. до н.э. вошли в Иерусалим, ворвались в Храм, низложили Аристобула и увезли в качестве пленника вместе с сыновьями в Рим. Впоследствии вмешательство Рима привело к падению монархии и потере независимости еврейского государства на 2000 лет. Иоанн Гиркан остался первосвященником, но власть в Иудее постепенно переходила в руки его придворного – идумея Антипатра, который пользовался доверием римлян и назначил своих сыновей Ирода и Фазаеля наместниками в Галилее и Иерусалиме. После смерти Гнея Помпея Юлий Цезарь назначил Иоанна Гиркана этнархом (правителем). После смерти Антипатра власть в стране фактически перешла в руки его сына Ирода, хотя формально этнархом и первосвященником был Гиркан. Старший сын Аристобула Александр II Иудейский бежал из римского плена и, собрав войска, поднял восстание в 57 г. до н.э., но был разбит римлянами в союзе с Антипатром. Другой сын Аристобула Антигон заключил союз с парфянами и с их помощью в 40 г. до н.э. завоевал Иудею, вошёл в Иерусалим и низложил Гиркана, восстановив ненадолго Хасмонейскую династию. Ирод сумел заручиться поддержкой римлян и через три года в 37 г. до н.э. вновь захватил Иудею. Получив царскую корону из рук римлян, он казнил взятого в плен Антигона – последнего царя династии Хасмонеев. Последним первосвященником из рода Хасмонеев был Аристобул III – брат жены Ирода Мариамны и внук Гиркана II. Опасаясь его влияния в народе, Ирод приказал его убить в 35 г. до н.э. Сам Ирод стал родоначальником новой династии Иродиадов. Деятельность Хасмонеев замедлила эллинизацию евреев. Напротив, произошла религиозная ассимиляция семитских народностей, населявших Иудею. Сохранение иудаизма как национальной религии евреев стало важным фактором, предопределившим всю дальнейшую историю еврейского народа.