Южное из зданий А. Роу считал храмом филистимского бога Дагона (см. 1 Пар. 1:10), но археологически это не обосновано. Следов взятия Беф-Сана израильтянами не обнаружено. Город их эпохи, 815–700 гг. до н.э., был менее значителен по размерам, не включал крупных зданий и строился без учёта архитектурной традиции предшествующего периода. Около 700 г. до н.э. он был оставлен, причём обнаружен близкий по керамической дате (около 800 – 600 гг. до н.э.) слой разрушения, который связывают с походом Тиглатпаласара III на север Израиля (732 г.). Беф-Сан уже не заселялся до эпохи эллинизма. Возрождённый как Скифополь, город расширился и занял участки южнее и юго-западнее холма, на другом берегу вади возник его «город-спутник» Телль-Истаба. Усадьбы и дома этого времени изучены хорошо и датируются по монетам и амфорам из районов Средиземноморья, однако сохранившиеся здания сильно повреждены строительством римского периода (31 г. до н.э. – 324 г. н.э.). В целом же римский город, в основном, расположился в долине. Здесь открыты улица с колоннами, ипподром, вилла с мозаичными полами II–III вв. и с термами, театр эпохи Северов (146–211 гг.) и городские стены. Гробницы римской эпохи на Северном кладбище содержали богатый инвентарь (стеклянные сосуды, статуэтки из глины, каменные саркофаги, один из которых надписан именем Антиоха, сына Фаллиона, возможно, двоюродного брата Ирода Великого). Наиболее яркое сооружение византийской эпохи в Беф-Сане – церковь-ротонда с амбулаторием вокруг открытого двора, которая датируется началом V в. по сходству с капителями церкви св. Стефана в Иерусалиме (между 431 и 438 гг.) и мозаиками церкви Элеоны на Масличной горе. На противоположном берегу реки Харод, возле кладбища, стоял так называемый монастырь Марии. Надписи и клад монет эпохи Ираклия показывают, что он был сооружён в начале VII в. и мог простоять до исламского завоевания. Мозаика на полу обширного монастырского храма изображала цикл сельскохозяйственных работ (изображения в круглых медальонах, сгруппированных вокруг персонификаций Солнца и Луны). Южнее и юго-западнее телля (крепости) открыт ещё один монастырь, керамическая мастерская, частные дома (в том числе с мозаичными полами) и четыре синагоги. Ближайшая к монастырю датируется V – началом VII вв. и содержит мозаики с изображением закрытого завесой Ковчега Завета, ритуальных сосудов и семисвечника, а также трёх греческих и одной самарянской надписей. Мозаики других синагог VI в. близки по типу и содержат греческие, еврейские и арамейские надписи. На Северном кладбище были изучены многочисленные могилы византийской эпохи.