В первый раз его изгнали в ранний период за то, что он издал фетву, согласно которой приёмные отношения действительны, даже если попить козьего молока или бараньего. Существует множество мнений о достоверности этого факта. Во второй раз его изгнали из Нишапура за то, что он утверждал, что вера (иман) не сотворена. В третий раз на одном из собраний имама, кто-то спросил его: сотворена Речь Аллаха или нет. Имам аль-Бухари сначала попытался уйти от прямого ответа, но спрашивающий настаивал на своём, и в итоге имам сказал: «Речь Аллаха не сотворена, но наше её чтение сотворено». Люди не поняли имама аль-Бухари до конца и обвинили его в том, что тот вводит «новшество». Из Нишапура он отправился в Мерв, а затем из Мерва переехал в Бухару. Хотя аль-Бухари свободно передавал то, что знал, каждому, кто хотел учиться у него, он держался подальше от государственных деятелей и считал посещение их дворцов поступком, унижающим науку. Однажды эмир Бухары, Халид Зухри, попросил его обучать своих детей, но имам отказался, и эмир подговорил некоторых людей, и те стали дурно высказываться об убеждениях имама. Это вынудило его в четвёртый раз покинуть Бухару и отправиться к родственникам в город Хартанг (близ Самарканда). В этом городе имам и умер в 870 г. в возрасте 60 лет. Имам аль-Бухари оставил после себя множество трудов, важнейшим и получившим наибольшее распространение из которых считается «Аль-Джами ас-Сахих» (или «Сахих аль-Бухари»). К числу сочинений аль-Бухари относятся также такие книги как «Аль-Асма ва-ль-куна», «Ат-Тарих аль-кабир» («Великая история»), «Ас-Сунан фи-ль-фикх», «Хальк афаль аль-ибад», «Аль-Адаб аль-Муфрад» и «Аль-Кираа хальфа-ль-имам». При собрании хадисов аль-Бухари придавал особую важность установлению лиц, служивших первоисточником передачи, записи хадиса, перечислению лиц (иснад), передававших его дальше. К достоверным (сахих) он относил только те хадисы, которые рассказывались людьми, являвшимися непосредственными свидетелями поступка пророка Мухаммада. Имам аль-Бухари посвятил всю свою жизнь сбору хадисов. Он слышал хадисы от более чем тысячи шейхов, сам он записал 200 тысяч хадисов от его преподавателей и передатчиков хадисов. Из этого обширного океана хадисов (800 тысяч) он собрал самые достоверные из них только 7275, включая и повторяющиеся. Они составляли его книгу «Аль-Джами ас-Сахих», которая стала наиболее популярной среди всех других собраний хадисов. Имам Аль-Бухари работал над своей книгой в течение шестнадцати лет.