Сегодня Старый город Иерусалима является частью израильского Иерусалима, однако по договору 1994 г. между Израилем и Иорданией мечеть и все мусульманские святыни в Иерусалиме находятся на попечении и под надзором Иордании. При этом, согласно Захару Гельману, договорённости, «заключённые сразу после победы Израиля в войне 1967 года между ВАКФом и Израильским управлением древностей (ИУД)», предусматривали мусульманский контроль только над территорией, «на которой расположена мечеть аль-Акса, за исключением всех подземных коммуникаций и сооружений». Часто в поверхностных туристических публикациях огромный золотой Купол скалы (Куббат ас-Сахра), путают с более скромным куполом мечети аль-Акса, называя упомянутый золотой купол куполом мечети аль-Акса. Но именно аль-Акса является третьей святыней ислама, а не Купол скалы, который, тем не менее, в архитектурном плане является центром комплекса. 21 августа 1969 г. австралийский член протестантской фундаменталистской секты «Церковь Бога» Майкл Деннис Рохэн, стараясь приблизить дату возвращения Мессии, ворвался в мечеть аль-Акса с большим количеством горючего и поджёг её, после чего скрылся с места преступления. Несмотря на то, что израильские пожарные оперативно потушили пламя, мечети был нанесён определённый ущерб. Майкл Рохэн был арестован и признался в содеянном. В ходе суда израильские медики признали Майкла Рохэна психически больным человеком. В 1974 . он был «по гуманитарным причинам» выслан в Австралию, где впоследствии умер в психиатрической клинике. Некоторые источники связывают поступок Майкла Рохэна с «иерусалимским синдромом». Для мусульманского мира этот инцидент стал поводом для обвинения Израиля в поджоге; распространялись слухи, что «человеку по фамилии Кохен» было заплачено от 50 до 100 млн. долларов за то, чтобы он сжёг мечеть. Вспыхнувшие по всему Ближнему Востоку и в Индии массовые беспорядки привели к гибели их участников. Существует секретный запрос КГБ СССР в ЦК КПСС за подписью Юрия Владимировича Андропова на демонстрации перед посольством США в Индии в сумме 5 тыс. индийских рупий во время этих беспорядков. Король Саудовской Аравии Фейсал воспользовался этим накалом страстей для созыва глав 25 мусульманских стран на совещании в Рабате (Марокко). Ряд мусульманских источников, в том числе и в Палестинской национальной администрации, до сих пор использует эту версию для обвинения в этом происшествии Израиля. 28 сентября 2000 г. Ариэль Шарон – лидер оппозиционной партии Ликуд и другие члены партии, с охраной, посетили Храмовую гору.