Возникшая после выхода книги полемика подвигла Э.А. Жильсона более внимательно изучить общий контекст средневековой мысли, внутри которого сформировалась система Фомы Аквинского. Постепенно область его исследований всё больше расширялась: в неё включались такие средневековые мыслители, как Бонавентура, Бернард Клервоский, Иоанн Дунс Скот, Уильям Оккам и многие другие. В связи с началом войны в 1914 г. Э.А. Жильсон был мобилизован в состав воинских подразделений Лилля и проходил военную службу в Центральной Франции. Годом позже, получив квалификацию пулемётчика, был послан на Верденский фронт, где вскоре ему было присвоено звание младшего лейтенанта. Во время битвы при Вердене 23 февраля 1916 г. Э.А. Жильсон был взят в плен германскими войсками, в плену провёл два года (лагеря для военнопленных в Штрёлене и Бурге), где учился русскому языку у находившихся в лагере русских военнопленных, а также читал сочинения Бонавентуры, результаты работы с текстами которого нашли отражение в вышедшей в 1924 г. книге «La philosophie de saint Bonaventure» («Философия св. Бонавентуры»). В 1918 г. Э.А. Жильсон был освобождён и демобилизован; за проявленную на войне отвагу был награждён Военным крестом. В 1919 г. занял должность профессора кафедры истории философии в университете Страсбурга. К началу 1921 г. Э.А. Жильсон получил место профессора истории средневековой философии в Сорбонне, преподавал также на отделении религиозных наук Высшей практической школы. Он оставался преподавателем Сорбонны до 1932 г. В 1922 г. посетил Россию (Саратов и Одессу) в качестве эмиссара Нансеновского комитета при Лиге Наций, чтобы собрать реальную информацию о голодающих на Украине и в Поволжье, в дальнейшем представив комитету отчёт о своей поездке, содержащий сведения о голодающем населении, в том числе о детях, умирающих от голода и эпидемий. В 1926 г. Э.А. Жильсон впервые посетил США и Канаду, куда неоднократно приезжал и впоследствии. Читал лекции в Гарвардском и Виргинском университетах, а также в университете Торонто. Ему было предложено создать научный центр, основной задачей которого стала бы организация научных исследований и публикаций с целью изучения всех аспектов средневековой культуры и мысли, а также подготовка небольшого числа студентов по специальным программам, приоритетное место в которых занимала бы средневековая культура. По словам самого Э.А. Жильсона, в этом случае «у французского католика не было права отказаться», и 30 сентября 1929 г. на базе коллежа св. Михаила университета Торонто Э.А. Жильсон вместе с двумя представителями коллежа, членами влиятельной в Канаде Конгрегации священников Василия Великого (CSB), Г. Каром и Э. Дж. Маккоркелом, а также Б. Пеланом из Лёвенского католического университета был основан Институт средневековых исследований, в 1939 г. получивший статус «папский». После основания института учебный год Э.А. Жильсона был поделён между Парижем, где с 5 апреля 1932 г. он занял специальную кафедру истории средневековой философии в Коллеж де Франс, и Торонто, где находился каждый год с середины сентября до конца декабря и от посещений которого отказался только во время Второй мировой войны, оставшись в Париже.