18 ноября в Мукачеве по инициативе архимандрита Алексия (Кабалюка) состоялся Православный съезд. Съезд принял обращение к Председателю СНК СССР и Верховному главнокомандующему Иосифу Виссарионовичу Сталину, в котором просил принять Карпатскую Русь в состав СССР в форме 16-й Карпаторусской Советской Республики. В ответ на это 26 ноября 1944 г. местные коммунисты созвали в Мукачеве съезд Народных кандидатов, который принял манифест о воссоединении Закарпатья с Советской Украиной. 29 июня 1945 г. Правительство СССР подписало договор с Правительством Чехословакии о включении Подкарпатской Руси в состав УССР. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 января 1946 г. создавалась Закарпатская область в составе УССР. Коренное русинское население края вне зависимости от собственного желания признавалось украинским. Немногочисленные промышленные предприятия национализировались, проводилась коллективизация, завершённая к началу 1950 г. Ещё в декабре 1944 г. в Москву прибыла делегация Мукачевско-Пряшевской епархии во главе с администратором игуменом Феофаном (Сабовым), которая просила членов Священного Синода о ходатайстве РПЦ перед Священным Синодом СПЦ о передаче Мукачевско-Пряшевской епархии в каноническое ведение Московской патриархии. СПЦ откликнулась на ходатайств положительно, и на заседании Священного Синода РПЦ 22 октября 1945 г., на котором также присутствовал Мукачевско-Пряшевский епископ Владимир (Раич), Мукачевско-Пряшевская епархия была присоединена к РПЦ, образовалась Мукачевская и Ужгородскя епархия. Свои последние приходы в ведение РПЦ передал также архиепископ Савватий (Врабец). На Мукачевскую кафедру был поставлен Уманский епископ Нестор (Сидорук). Советские власти, преследуя исключительно политические цели, заставляли греко-католический клир принимать православие. В 1947 г. при загадочных обстоятельствах погиб греко-католический Мукачевский епископ Теодор Ромжа. В то же время репрессиям подвергались не только греко-католические, но и православные священники. В 1946 г. мученическую смерть принял готовившийся стать Мукачевским епископом игумен Феофан. Некоторые православные священники за религиозные убеждения приговаривались к длительным срокам тюремного заключения (иеромонахи Викентий (Орос), Иов (Гашпар), Дамиан (Бынь), Иустин (Сидак) и др.). В феврале 1949 г. Закарпатский облисполком санкционировал прекращение деятельности греко-католического епархиального управления. 28 августа в Мукачеве Ужгородская уния была торжественно отменена. Имущество греко-католических приходов передавалось православной церкви. К 1 января 1950 г. в православие перешли 122 греко-католических священника. Наиболее убеждённые униаты ушли в подполье. В 1950 гг. вследствие церковных гонений в Закарпатье были закрыты большинство монастырей и многие храмы.