18 июня 1988 г. мощи были перенесены в орловский кафедральный собор в честь Ахтырской иконы Божьей Матери, по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II – в Задонский монастырь 26 августа 1991 г. С 1998 г. в этот день ежегодно совершается празднование второго обретения мощей Тихона Задонского. До 2006 г. святыня почивала в специально устроенной раке, украшенной чеканной латунью, под балдахином и ростовой «мерной» иконой святителя Тихона – той же, что находилась у раки с мощами в соборе, но с утратой в нижней части. В 2005 г. были установлены новая сень над мощами, в 2006 г. – новая серебряная рака. В октябре 1993 г. на городском кладбище состоялось обретение останков местных праведников схимонаха Митрофана, иеросхимонаха Агапита, архиепископа Антония (Соколова), задонского затворника Георгия, схиигумена Евсевия, блаженного Антония Алексеевича, старицы Евфимии Поповой, иеросхимонаха-затворника Нафанаила, духовника обители иеросхимонаха Агапита и др., вывезенных из уничтоженной монастырской усыпальницы «Митрофановой пещеры» на городское кладбище Задонска. Захоронение стало называться «Святая могила». Крестным ходом останки задонских подвижников были перенесены в собор Задонского монастыря, где с 1994 г. покоятся частицы их мощей в мраморной гробнице при колонне, слева от главного входа во Владимирский собор. Под Вознесенским храмом частично восстановлена «Митрофанова пещера» с захоронениями и надгробиями. Решением Орловского облисполкома 1946 г. Владимирский собор Задонского монастыря  был «поставлен под охрану как памятник истории и культуры» федерального значения; однако храм, колокольню, гостиницу арендовали различные организации: «Заготзерно», овощесушильный завод, спецдетдом №3. По инициативе Воронежского митрополита Мефодия (Немцова) и первого заместителя председателя облисполкома Михаила Тихоновича Наролина в 1988 г. в соборе велись восстановительные и ремонтные работы. Под кровлей собора был найден тайник из 16 серебряных предметов церковной утвари середины XIX в., в том числе большой потир с дискосом, со звездицей, со лжицей, с копиём, напрестольный крест, оклады Евангелий 1836 и 1862 гг. с эмалевыми изображениями евангелистов. Находки выставлялись в Задонском краеведческом музее и в Липецком областном краеведческом музее, в Древнеуспенской церкви, после чего были переданы Воронежской и Липецкой епархии (к 2008 г. крест и большое Евангелие находились в ризнице Задонского монастыря). После обращения митрополита Мефодия к председателю Липецкого областного Совета народных депутатов Виктору Васильевичу Донских решением исполкома совета от 23 августа 1989 г. Владимирский собор был передан «в ведение религиозной общины Свято-Троицкой церкви» Задонска «для восстановления и использования по назначению». 25 августа 1990 г. в соборе состоялось первое архиерейское богослужение. Решением исполкома Липецкого областного Совета народных депутатов от 2 августа 1990 г. здания монастыря были переданы Воронежской и Липецкой епархии. Задонский монастырь посещали Патриарх Московский и всея Руси Алексий II (в ноябре 1998 г.), многие архиереи РПЦ и других поместных церквей. Наместником Задонского монастыря 31 октября 1990 г. стал архимандрит Нафанаил (Черняк), 1 июля 1991 г. – архимандрит Никон (Васин).