Ряд работ был посвящён изучению Западной церкви, взаимоотношениям католичества и православия (статьи А.Ф. Вертеловского, Александра Дмитриевича Беляева и др.). В философском отделе публиковались статьи ведущих российских учёных по истории философии, проблемам философии и психологии, переводы философских сочинений (или отрывки из них) с комментариями. Среди наиболее значительных публикаций данного отдела исследователи отмечают: «Онтология, или Метафизическое учение о бытии вообще» (1888, 1889 гг.) архимандрита (впоследствии епископ) Бориса (Плотникова), цикл статей Виктора Дмитриевича Кудрявцева-Платонова о содержании философии как науки (1884 г.), исследования Алексея Ивановича Введенского, сочинения Петра Ивановича Линицкого «Идеализм и реализм» (1884, 1885, 1886, 1887, 1888 гг.), «О формах и законах мышления» (1894 г.), «О необходимости метафизики» (1897 г.). Идея Бога в древнегреческой философии рассматривалась в нескольких статьях И.Н. Корсунского (1884, 1885, 1887, 1888, 1889, 1890, 1891 гг.). Представляют интерес для исследователей опубликованные в журнале «Вера и разум» статьи Сергея Сергеевича Глаголева «Вера и знание» (1909 г.), «Логика абсолютного разума» (1909 г.), а также «Очерки истории философии» (1892 г.) Николая Николаевича Страхова. В философском отделе журнала увидели свет переводы «Теодицеи» Готфрида Вильгельма Лейбница, «Эппеады» Плотина и др. Среди исследований по психологии, появившихся на страницах журнала «Вера и разум», наиболее значительными исследователи признают статьи Вениамина Алексеевича Снегирёва «Самосознание и личность» (1891 г.), «Религиозная идея (психологический очерк)» (1891 г.), «Обзор главных направлений русской психологии» (1895 г.) и исследование Михаила Осиповича (Иосифовича) Вержболовича «Психологические основания религии» (1898 г.). В третьем отделе, который в разные годы имел различные названия (в 1884–1903 гг. – «Листок для Харьковской епархии», в 1904–1906 гг. – «Известия по Харьковской епархии», в 1907–1915 гг. – «Известия и заметки по Харьковской епархии»), публиковались правительственные, общецерковные и епархиальные официальные документы, епархиальная хроника, известия из других епархий. В 1905–1907 гг. на страницах журнала «Вера и разум», особенно в третьем отделе, активно обсуждались актуальные проблемы церковной жизни, вопросы реформирования приходской жизни и духовного образования, восстановление патриаршества и др. С 2000 г. по благословению Харьковского митрополита Никодима (Руснака) Харьковское епархиальное управление издавало журнал «Вера и разум» («Вiра i розум») с периодичностью один раз в год. Редакционный совет возглавлял митрополит Киевский и всей Украины Владимир (Сабодан), главным редактором являлся правящий Харьковский архиерей. В журнале публиковались послания Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и митрополита Владимира, выступления и труды митрополита Никодима. Журнал состоит из пяти отделов: отдела, содержащего официальные материалы, богословского, философского, исторического, хронико-библиографического, и приложения. Материалы публикуются на украинском и русском языках. Среди авторов журнала – священнослужители, церковные и светские учёные Украины и России. Ряд статей основан на материалах журнала «Вера и разум» (1884–1917 гг.).