Территория епархии в это время включала земли княжеств Владимирского, Городецкого, Костромского, Московского, Переяславского, Стародубского, Суздальского с Нижним Новгородом и Юрьевского. По мнению исследователей, Владимирским епископам подчинялось в церковном отношении также Галицко-Дмитровское княжество. В 1276–1286 гг. Владимирской епархией управлял епископ Феодор, хиротонисанный из игуменов монастыря святых Константина и Елены. В большей части летописей он называется епископом «Володимерю и Суздалю», дважды епископом «Володимерю, и Суздалю, и Новугороду Нижнему», а также просто епископом Владимирским. Владимирский епископ Иаков был поставлен на кафедру в киевском Софийском соборе митрополитом Максимом в 1288 г. и сведён с кафедры тем же митрополитом в 1295 г. В 1299 г. митрополит Максим покинул Киев, систематически подвергавшийся татарским набегам, и переселился «с клиросом и с всем житием своим» во Владимир. Владимирская епархия перешла под прямое управление митрополита, бывший Владимирский епископ Симеон был переведён на Ростовскую кафедру. Характер церковно-общественной деятельности Владимирских архиереев в последней четверти XIII в. был определён установлением на Руси монголо-татарского ига. В епархии почти прекратилась храмоздательная деятельность, на первый план выдвинулось проповедничество. Сохранились пять Слов-поучений Серапиона. Историки, в частности, митрополит Макарий (Булгаков), епископам Иакову или Симеону приписывают «Послание епископа к местному князю», включённое в состав Кормчей русской редакции. Причиной написания «Послания» была усобица между наследниками князя Александра Невского князьями Димитрием Александровичем Переяславским и Андреем Александровичем Городецким, во время которой князь Андрей привёл в 1293 г. на владимирские земли монголо-татарское войско (Дюденёва рать). Начиная с 1299 г. бо́льшая часть территории современной Владимирской епархии входила в состав Митрополичьей области (с 1589 г. – патриаршая область, с 1721 г. – Синодальная область), Муромская земля находилась под управлением Рязанских епископов. В 1347 г. на землях Суздальско-Нижегородского княжества была образована Суздальская епархия. С 6 декабря 1352 г. до июня 1354 г. титул епископа Владимирского носил Алексий, наместник митрополита Феогноста, который «по своем животе благословил его в свое место на великий стол на митрополью Киевьскую и всея Русии». 11 марта 1353 г. митрополит Феогност скончался, 30 июня следующего года Алексий был поставлен Киевским митрополитом. В 1589 г. Борис Фёдорович Годунов от имени царя Фёдора Ивановича с целью учредить в России патриаршую кафедру предложил Константинопольскому патриарху Иеремии II, находившемуся тогда в Москве, поселиться во Владимире и возглавить Русскую церковь – патриарх отказался. По инициативе царя Фёдора Алексеевича на Соборе 1681–1682 гг. рассматривался вопрос об открытии новых епархий, в том числе Владимирской, но безрезультатно. Указом императрицы Елизаветы Петровны 1 сентября 1742 г. была создана Московская и Владимирская епархия, включившая в себя бо́льшую часть Синодальной области.